杂交和转基因，都能产生新的动植物品种，这个新品种的基因不与父本、母本完全相同，但两者有着本质上的不同。
杂交只改变“同源染色体”，仅仅“等位基因”不同。而转基因几乎可以改变任何染色体中的任何基因片段。如果两个物种没有足够的相同的同源染色体，就不可能杂交——比如无法猫和狗杂交，更无法让小麦与蟑螂杂交了。
至于转基因，人类的转基因技术可以突破这种障碍，目前转基因已广泛用于制药、育种。比如以前青霉素只能从霉菌中提取，生长激素、胰岛素更难获取，价格极其昂贵。现在这些药物都可以通过转基因技术轻易地用细菌生产出来。
杂交技术很难滥用，而转基因技术很容易被滥用，因此可能导致生态灾难，甚至更严重的问题。
另外，科普一下现代杂交育种的知识：
传统的杂交是：驴♀×马♂=驴骡，马♀×驴♂=马骡。
现代的经典的杂交方式是：A×B=C，D×E=F，C×F=G，我们日常食用的大米、小麦、玉米、鸡蛋、鸡肉，都是最终的G来的。
更具体一些：对于农作物，种植G可以得到高产、优质的农作物，G也可以用来出口。G的父本、母本C、F，由种子公司给种子农民种植，并指导其进行严格的授粉，回购得到的种子G，然后出售给普通农民或者出口。G的父本、母本C、F也可以出口，但它们的父本、母本ABDE是秘密，只有少数人知道，更不能出口。
对于动物如肉鸡、蛋鸡，ABDE可以由不同的饲养场饲养，名字叫做“祖代蛋鸡”、“祖代肉鸡”，它们下蛋孵出的小鸡就是良种的父本、母本，按比例搭配饲养产蛋后孵化的就是我们最终见到的肉鸡、蛋鸡了。至于ABDE是哪些品种，一般人也无从知晓。
现在回头继续讲转基因：综上所述，通过转基因技术可以大大加速良种的培育，并且可以培育出自然界中不存在的优良品种，比如把胡萝卜的部分基因注入水稻中，可以得到营养更全面的新品种。但是，目前常见的把抗除草剂的基因注入玉米基因的“新品种”，就不会给人带来任何营养成分。相反，种植这种农作物会导致更大剂量使用除草剂，同时也会产生抗除草剂的“超级杂草”，恶性循环，对生态造成严重破坏。这种行为必须受到谴责，甚至有必要通过立法等手段遏制。
由此可见，滥用转基因技术的危险不只在于食品安全，更严重的是对生态环境的破坏(即：种植比食用危害更大)。如果再考虑到经济因素，就更难说了。
延伸阅读关键词：基因污染、基因流动、生殖隔离、物种形成
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