为什么中国在近代转型过程中，保住了新疆，却没有保住蒙古?大概翻了翻前面的回答，各有千秋，但我认为主要的应该是下面的三个原因。
第一个，前面有人提到的，帝国主义势力均衡的问题。
新疆靠近中亚，英俄都想染指，所以很难一方独吞，蒙古不同，只有俄国虎视，日本当时还只是心里想想，手伸不了那么远。所以，一旦中国有变，蒙古会被俄国吞并，但是新疆因为英俄相互掣肘，就不大会被一方独吞。
但英国在中国的利益更多的是商业利益，主要集中在沿海和长江流域，相比之下，保住这些利益更重要，西藏主要是战略价值，只要保证中国或者俄国不囤积重兵，威胁到英国在中亚和印度的利益就可以。而俄国不同，俄国和我国大面积接壤，更多的是表现为领土野心。
所以，当清朝灭亡机会窗口出现的时候，俄国的反应是在边境地带扩张势力影响，而英国则希望中国能够尽快稳定下来，保证他们在沿海地区和长江流域的商业利益。
第二个，清朝对新疆和蒙古的重视程度不同。
对清朝来说，蒙古是“自己人”，是绝对不能放弃的，也绝对不能允许汉人染指，这个政策贯穿整个清朝。所以，蒙古的开发很晚，差不多到1907年之后，才开始在东北和内蒙一些地方对汉人垦荒弛禁，而且是严格控制规模的，随时准备后退。
新疆就不同了。对清朝来说，新疆是遥远的地方，是可进可退的地方。只要保持新疆大体稳定，也没有比较强势的势力崛起，不威胁到蒙古的安定，也没有比较强势的势力崛起，威胁清朝对蒙古的统治，清朝对新疆更多时候的态度就是听之任之。
所以，新疆发生叛乱之后，朝廷都会出现干脆放弃的声音，但如果蒙古出现问题，朝廷从来没人说可以放弃蒙古。
第三个，社会结构重组和统治方式的调整。
蒙古和新疆都在清朝初期进行了社会组织结构改造，但清朝在这两个地方的统治方式是完全不同的。
因为蒙古是清朝的“自己人”，所以蒙古编旗治理是模仿满洲八旗的方式，清朝的统治要更加直接，延伸到基层社会的程度更为深入。而新疆不同，清朝在新疆的统治方式接近于委托式治理。也就是说，只要驻军保证基本秩序就可以，一般的民政和社会管理，都是交给当地的社会精英来代替朝廷完成的。可以总结为四个字，统而不治。
但是，在晚清时期，这个情况发生了变化。
恰恰是因为新疆发生了大规模叛乱，整个新疆原来的社会结构和统治体系完全被打碎了，所以，左宗棠率军平叛的同时，也重建了新疆的统治体系，为之后的建省做好了前期准备工作。可以说，没有叛乱，没有左宗棠平叛，新疆建省就不大可能。
不要小看建省。建省是中央对地方的控制加强的重要过程，意味着统治更为直接，也更接近现代国家对地方的治理模式。
但是蒙古没有经历这个过程。所以蒙古一直维持着前现代的治理模式，仍然是朝廷册封蒙古王公，由蒙古王公代表朝廷管理本部老百姓，朝廷只关心的目标就是两个，第一，保持稳定，不发生叛乱，第二，没有外部势力插手。对老百姓，死活都无所谓。
第四，清朝灭亡时的治理体系和官僚体系不同。
这是接着上一条谈。正因为新疆建省了，所以朝廷对新疆加强了控制，建立了比较完整的治理体系，中央下来的官僚体系一直延伸到县一级，而这个官僚体系基本上是由汉人充任的，这也是在辛亥革命之后，杨增新能够迅速控制新疆局势的基础条件。杨增新、金树仁和盛宣怀时期，新疆不是没有遇到过危机，也遇到过，但是因为各地都有汉人官僚体系，所以不是上层想怎么样就能怎么样的。
但是蒙古没有经历这个过程。到辛亥革命发生的时候，蒙古的汉人很少，而且主要集中在现在辽西、冀北这一带，也就是比较适合垦殖发展农业的地区，外蒙完全谈不上，也没有完善的中央管理体系，所以，一旦上层王公决定独立，或者投靠外部势力，遇到的阻力就很小。
所以，总体而言，新疆和蒙古之间，中国能否延续统治，其实就是差了一次大规模的叛乱和平叛。
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