中国曾对中科红旗软件公司寄予厚望。但当该公司于今年6月27日宣布转让公司全部注册商标、全部软件著作权等资产时，其雄心已经落空。据信，一旦政府大幅削减补贴资金，其财务状况就将崩溃。
6月27日，中科红旗发布公告，宣布拟以公开竞价方式转让公司全部注册商标、全部软件著作权等资产。中科红旗为资产竞买人提出了四项条件，并要求有意向的竞买人在2014年7月8日前提交书面竞买意向书。而后续公开竞价转让安排则会另行通知竞买人。据媒体报道，仅少数几家企业有意购买中科红旗的资产，但是这些企业最终是否会正式提出竞价仍然存在很大变数。 中科红旗今年2月宣布解散清算。根据当时曝出的消息，中科红旗的债务总额约为2000多万元，其中绝大部分是员工的拖欠工资。中科红旗的破产，意味着这家有着14年历史，由中科院软件所牵头的基于Linux的国产知名操作系统厂商未能熬过马年。
实际上，从去年4月开始，中科红旗就遭遇生存危机，该公司管理层曾向员工告知，公司遭遇资金困难，工资无法完全到账。此后大半年时间，该公司处在员工索要工资维权的漩涡中，期间还爆发了公司员工指责“金主”中科院软件所不履行核高基项目配套资金的争吵。
按照中科院的说法，中科红旗早在2010年就退出了核高基项目总体部，因此为其提供配套资金的前提不复存在。据悉，中科红旗每年市场收入不超过1000万元，其2010年和2011年的收入主要来自核高基项目，而2012年下半年，核高基项目资金用尽才出现了资金断裂。中科院认为，中科红旗目前的问题是经营不善造成的。
在分析人士看来，中科红旗倒闭的更大问题在于，政策保护下的企业未能抵挡住残酷的市场竞争，核心问题还是产品问题。
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媒体分析认为，中科红旗的问题并非仅限于金钱。红旗产品未能让消费者感到兴奋。看来，中国人更青睐微软等已“功成名就”的系统，而非更加弱势的国产品牌。“很难说我是喜欢还是讨厌红旗，”北京某用过红旗系统的政府软件工程师说，“这个团队确实已取得某些进展，但未能给大多数普通用户留下深刻印象。使用该系统就像(在环路上)骑自行车。政治上是正确的，有时甚至会很酷，但相当累人，而且总是很孤独。”
尽管政府承诺加大对中国操作系统开发商的支持，但红旗的窘境并非个案。据中科院今年报告，国产操作系统在内地市场的份额不足1%。中国消费者更倾向主流的外国系统，如分别在电脑和智能手机中使用的视窗和安卓操作系统，因为它们可靠、使用简便并受到众多第三方应用的支持，而且还能摆脱大部分的病毒攻击。
上海大学生王磊(音)表示支持开发国产操作系统，但在其能与海外优秀对手比肩之前，他不会转用国产系统。“对外国操作系统说‘不’，就如同对外国汽车说‘不’，”他说，“那不是爱国，而是仇外。”
政府对网络攻击的担心，一直在助推有关“中国造”操作系统可媲美外国同行的梦想。但红旗Linux的命运折射出中国在该领域面临的窘境：对可靠国产操作系统的渴望，正受困于技术能力的不足和沉重的补贴开发成本。在职业电脑黑客看来，这些国产操作系统是攻击的“绝佳”对象。而且，鲜有软件商为此类系统开发应用软件或驱动程序。
但信息安全专家柳青(音)表示，政府对国产操作系统的渴望可以理解。“(政府)总是担心其他政府能通过隐藏在外国操作系统中的后门潜入，”他说。然而他也告诫称，国产操作系统将比国际主流系统更易受攻击。“新系统通常比老系统含有更多安全漏洞，”柳说，“若新系统仅有少量用户，其中许多漏洞将长时间甚或永久存在。这使其更容易被渗透。”
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