6、公众要求政府信息公开、质询跨国公司
2002年，农业部批准进口孟山都抗草甘膦转基因大豆，至今该大豆已经占据中国80%市场，近几年每年都进口5000万吨以上。
根据《转基因食品卫生管理办法》(2002年7月1日起施行，2007年12月1日废止)、《新资源食品管理办法》(2007年12月1日起施行)，新上市的转基因食品需要卫生部的审批。
2011年11月21日，公众代表杨晓陆向卫生部递交政府信息公开申请表，要求卫生部出具采用美国孟山都抗草甘膦转基因大豆品系加工的三种产品的审批文件。这三种产品分别是，转基因大豆油、采用“化学浸出”工艺加工生产的转基因大豆油、其他含有转基因大豆成分的食品。2011年11月23日，卫生部回复《政府信息不存在告知书》，卫生部未受理和审批过这三种产品。
2011年9月30日，顾秀林等四人向农业部递交政府信息公开申请表，要求农业部出具文件：美国孟山都公司转基因大豆出口中国的全套申请文件、农业部批准其进口申请的全套审批文件，还有中美双方的科学实验报告。
根据国务院《农业转基因生物安全管理条例》(2001年5月23日颁布实施)、《农业部转基因进口安全管理办法》(2001年7月11日农业部通过，2002 年3月20日施行)，对于进口的转基因产品需要三方面的科学实验文件和审批文件：
① 输出国家或者地区经过科学试验证明对人类、动植物、微生物和生态环境无害;
② 经【中国】农业转基因生物技术检测机构检测，确认对人类、动植物、微生物和生态环境不存在危险;
③ 农业部委托的技术检测机构出具的对人类、动植物、微生物和生态环境安全性的检测报告。
2011年11月4日顾秀林获准进行查询，在农业部提供的文件夹中，没有看到任何有关“三方”科学实验报告的内容。
农业部提供的孟山都公司的申请文件包括四份，“美国食品和药品管理局关于食用安全批文”(1996年)、“美国农业部动植物检疫局关于环境安全批文”(1994年)、一页纸的申请表、“毒理学研究动物试验报告”。这些文件内容并不符合中国法律规定。
“美国食品和药品管理局关于食用安全批文”的主要内容是，将孟山都公司的申请文件和结论重复一遍：
“……你公司(孟山都)的结论是：此一新大豆品种和现有市售大豆品种，在产品成分、安全性以及其他相关指标上没有物质上的不同，因此上市前无需进行复审及批准。本次咨询的所有材料均已归档于BNF001，由市场准入批准办公室保管。”
“根据这次咨询的有关数据的描述及提供的信息，新的大豆品种依照21 CFR 170.30(f)(2)的含义似乎没有显著不同。因此关于此产品我们没有其他要问的问题。但是，你们也知道，保证孟山都公司营销的食品安全、有益健康，并遵循其他相关的法律与法规，是贵公司的责任。”(生物技术公司咨询回函，BNF 000001. 美国FDA Biotechnology Consultation Agency Response Letter BNF No. 000001)
美国食品和药品管理局并没有对孟山都公司的产品进行科学试验和检测，只是把孟山都公司的结论复述一遍，而后说明孟山都公司对它的产品负有全部责任，潜台词是若出了问题，美国食品和药品管理局无需负责。
孟山都的转基因大豆在美国种植仅4年后，2000年，超级杂草就被发现。2000年开始已经有学术论文专门讨论超级杂草的抗性。因此孟山都公司向中国农业部出具的“美国农业部动植物检疫局关于环境安全批文(1994年)”，应被视为失效文件，不符合中国的法律要求。
在“毒理学研究动物试验报告”的文件中，并不包括独立的第三方单位做的动物实验，也没有孟山都公司的“毒理学研究动物实验报告”。没有任何包含了记录数据、进行分析的原始报告。
顾秀林查询后认为美国孟山都公司向中国农业部申请获批的抗除草剂转基因大豆40-3-2安全证书存在较大争议，不符合有关规定。
2011年10月14日、11月15日，公众代表两次去益海嘉里公司递交质询函，要求其出具金龙鱼“化学浸出”转基因大豆油是合法转基因食品的相关部门的审批文件复印件。益海嘉里公司未能提供文件。
7、科普之争
农业部有高级官员认为，“在转基因食品问题上，要加强科普推广。”力推转基因作物的黄大昉院士也曾表达同样的观点：“公众的恐慌是因为科学素养不够”。还有多位农业部高级官员宣称，民众质疑转基因食品源于“无知”。公众的恐慌仅仅是因为不懂科学吗?事实上，不管从理论角度，还是从科学实验和实践角度，都证明转基因食品存在安全隐患。
2012年9月19日，法国科学家塞拉利尼在《食品与化学毒理学》杂志发表研究报告，用抗除草剂的NK603转基因玉米喂养的大鼠，致癌率大幅度上升。文中附有照片，大鼠身上长满肿瘤，肿瘤和大鼠的脖子差不多大。试验结果一公布，引起全球关注，将转基因争论推向高潮。俄罗斯、英国、奥地利、澳大利亚、美国、意大利等国科学家都曾做过转基因作物的喂养实验，得出结论认为存在安全问题，但这些实验都是2008年之前，并未引起公众关注。
从国内已知的信息来看，积极推广转基因的专家学者至今只做过90天小白鼠喂养转基因大米试验、8天抗虫BT毒蛋白灌胃试验。既没有做过大型哺乳动物实验，也没有灵长类动物试验，更没有做过类似医学药品推广前的临床试验。
许多科学家和公众质疑，为什么只做90天的小白鼠喂养实验，为什么不像法国科学家塞拉利尼那样做2年的小白鼠喂养实验?为什么不像俄罗斯科学家那样，做小白鼠的多代喂养实验，看看第三代、第四代小白鼠会不会出问题?还有很多公众质疑，老鼠吃了安全，人吃了就一定安全吗?众所周知，老鼠吃巴豆可以长的很肥，但是人吃巴豆却可以死人!在公众的长期质疑下，农业部和转基因相关机构却从来没有做过类似实验。国内诸多第三方实验室，因为受到无形压力，也几乎没有人做转基因的长期喂养试验、环境试验。倒是有三个青年硕士生初生牛犊不怕虎，做了这类实验。
中科院植物所首席研究员蒋高明教授介绍了这三个学生的实验论文。湖南师范大学硕士论文《转基因水稻致小鼠肠腺细胞病变增生》。上海师范大学硕士黄同学等人的研究，《转Bt基因水稻对土壤微生物的影响》，该论文指出种植转Bt基因水稻的时间越长,种植的强度越大,对土壤氨氧化细菌的影响也就越大。中国科学院海洋研究所陶同学硕士论文：《饲料中转基因成分检测及对水产动物安全性评价的初步研究》及相关论文《进口转基因大豆(Roundup Ready)对吉富罗非鱼生长和生理的影响》，该论文指出将含有30%转基因豆粕的罗非鱼饲料，7周后导致罗非鱼肌体内部产生炎症!研究显示，在罗非鱼心脏、肝脏、肠、胃、卵巢、精巢、脑、鳃丝、脾脏、胆囊、肌肉等不同部位的DNA中都能检测到外源基因的存在。该研究还指出，采用巢式PCR检测方法对市场上的豆制品进行检测，结果发现，市场上有46.5%的豆制品被检测出含有转基因成分。
8、转基因基本理论遭遇质疑之一
2011年7月6日，文汇报发表著名分子生物学家曹明华的文章《“转基因”之争在美国》。曹明华指出，目前的转基因食物产业所基于的“科学”，是已经过时了的生物学理论。
转基因技术刚出现时，生物学家以为，真核生物(如植物、动物和人)的基因编码规律与原核生物(如细菌)是一样的，即：一个基因只编码一个特定的蛋白质。按这一传统的遗传学模型，生物学家曾估算：人体中的蛋白质约有十万个或更多，因此他们预测在人类DNA中的基因约有十万个。
而在2000年6月26日，整个科学界在震惊中发现：人类基因总共只不到三万个。更令人困惑的是，比人低等得多的杂草却可以有二万六千个基因。那么，大多数基因都不只编码一个蛋白质，有些基因可以产生许多许多不同的蛋白质，比如果蝇，它的一个基因可以产生(38016)个不同的蛋白质分子。
人与杂草间的特性、功能等等有那么巨大的差异，而在基因数量上却并没有呈现出数量级的差异——那么一定是有些什么东西错了。“一个基因只编码一个特定的蛋白质”的理论是错误的。
在这一更新了的分子生物学模型面前，转基因食物产业的主要根基动摇了!
而中国的有些转基因专家，在2011年的今天，还在用上世纪80年代对于原核生物所适用的基因学理论来认识真核生物(包括农作物、动物、人)。他们的知识更新跟不上时代发展，由此可能引发严重后果。
现实实验中我们已经看到了很多类似的例子。科学家曾将人的生长激素基因转到猪的身上，目的是要制造出极快速生长的猪来，可没料到，所产生的小母猪居然没有肛门。科学家又制作了转基因酵母，目的是增加酿酒产量——但很惊讶地发现：这种酵母中原有的一种自然毒素——可能致癌的因子被意外地提升了40到200倍。这个实验的研究者不由得感叹：“看来公众对转基因食物的恐惧是有道理的……”他们指出，在这一实验中，还并没有转入任何异类基因，而只是——将酵母自身的基因多转了几个拷贝进去……
在曹明华发表该文之后，2011年7月11日，人民日报发表署名饶毅的文章《转基因在美国的遭际》，支持推广转基因。7月14日，《文汇报》又发表曹明华文章《有一种误解亟须辨明》，继续进行学术探讨。7月18日，《人民日报》再发署名饶毅的文章《转基因是现代科技的必然》。7月21日，《南方周末》刊登署名“柯贝”的文章《对转基因的无知与偏见》，大力支持转基因。柯贝文章点名批评曹明华和蒋高明。为此，曹明华写了一篇反驳文章，希望《南方周末》能够发表，未能如愿。为此曹明华发表了《致<南方周末>社领导的一封公开信》，蒋高明发表《我对转基因的真实态度》。美籍华裔生命科学家和环保专家刘实也发了文章《我对主粮转基因之争的看法和建议》，反对柯贝文章。2011年12月，反转派专家顾秀林又发表文章《道理讲的清、利益讲不清》。
挺转派代表人物、反转派代表人物之间的直接交锋，十分有助于政府和公众认识真理。
9、转基因基本理论遭遇质疑之二
2011年9月，南京大学生命科学学院张辰宇教授的团队研究成果发表在国际知名刊物《细胞研究》上，颠覆了转基因安全的神话。“植物的微小核糖核酸(microRNA)可以通过日常食物摄取的方式进入人体血液和组织器官。并且，一旦进入体内，它们将通过调控人体内靶基因表达的方式影响人体的生理功能，进而发挥生物学作用。”
美国《环境科学》杂志为此刊文指出：“植物微小核糖核酸(microRNA)能调控人体生理过程，这一发现也说明人体是高度综合的生态系统。张辰宇说，这一发现还能帮助我们理解共同进化机制，即某一物种的基因改变可以触发另一物种的改变。比如，人类开始驯养奶牛之后，机体才开始进化出消化牛奶中的乳糖的功能。人类培育的植物，有没有可能也在改变人类呢?张辰宇的研究又一次提醒我们，自然界中没有孤立的存在。”
美国著名杂志《大西洋月刊》为此刊文《转基因食品有非常真实的危险》，该文指出：“如果该研究通得过科学的评审——这是关键性门槛——它将会颠覆许多领域的研究。它意味着，我们吃下去的不只是维他命、蛋白质和能量，还有基因调节因子。”
张辰宇教授的研究颠覆了世界最大的转基因公司孟山都公司的理论基础，孟山都公司宣称：“测试转基因食品对人类的安全性是完全没有必要、也没有意义的”。这是个有利于商业的说法，其理论依据是1960年前后的遗传学，即“中心法则”遗传学，中心法则假说是：DNA主导细胞，从DNA到细胞之间存在一种单方向运行的指令控制链。”但是真实的世界却是，除了DNA，微小RNA也参与到生物的进化当中。
该论文指出，孟山都和其它公司用“敲除”某个RNA的方法，可以开发出杀虫转基因植物，既然RNA(核糖核酸)干扰原理可以用于杀虫，那么这个能致死昆虫的生物学机理，在人类身上应该也是同样存在的。
随着时间的推移，越来越多的公众要求更为权威、客观、公正的实验，要求科学家具备真正的科学态度。
中国妇联执委曾发布报告，《中国不孕不育患者数已超5000万》。类似的报道层出不穷，《南京捐精者合格率仅三成》，《广西在校大学男生精液抽检过半不合格》，《我国每年新增胃癌40万，占全世界42%》，《黑龙江大豆协会：转基因与肿瘤高度相关》。我国公民的健康状态可以说是每况愈下，尤其是青年人的体质状况，更是呈现逐年下降的趋势。这和我国非法种植和流通的转基因有多大关系不得而知。国家机构、科学家如能对此做一番全面、系统、客观的研究，不仅于国于民有利，还能大幅度提高中国的科技水平。
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