生态系统质量，指的是生态系统的健康状态，这种状态表现为生态系统自我维持与抗干扰能力的大小。健康的生态系统具有良好的结构即生产者、消费者与分解者，有较高的生产力，能够发挥生态系统的多种功能，如生物多样性维护、水土保持、食物供应、气候调节、水循环等。高质量的生态系统中没有废物，元素循环与能量流动均能够正常进行。一般地，评价生态系统质量需要一些人为选择的指标，这些指标反映生态系统的内涵及特征。对于所有生态系统类型，通用的生态系统质量评估指标一般包括：
①生物物种：即植物、动物、微生物的种类和数量，及空间分布格局等。物种是生态系统的核心成分，不同物种相互关联，有竞争也有合作，共同维护生态系统运作，即能量流动与元素循环。
②大气质量：包括大气背景值;降雨、降雪pH值、空气污染物浓度等。大气是生态系统的气体成分，可为光合作用与固氮作用提供原料，同时提供水、热等资源，大气清洁度与正常流动是生态系统健康的重要标志。全球气候变暖就是由于大气中的二氧化碳等温室气体浓度升高而引起的。
③土壤质量：土壤承载着植被;很多底栖物种在土壤中生存;生态系统中的元素地球化学循环也重要发生在土壤圈内。土壤类型，土壤元素背景值，土壤质量(肥力、水分、质地、厚度)等都是土壤质量的重要指标。
④水分质量：生态系统中的水分包括淡水与海水(构成海洋生态系统的主体)两大类，一般陆地生态系统中的水以地表水状况、地下水状况为主，淡水中分布鱼类、两栖类，鸟兽类的饮用水也来自生态系统。人类不合理的经济活动首先引起陆地水污染，质量严重下降，其次是造成海洋污染如赤潮、白色污染等。
⑤气候要素：年降水量;降水分步均匀度;灾害性天气日数;无霜期;蒸发量;常年风速等构成生态系统的气候因素，这些指标均与生态系统质量有关。
⑥环境质量：环境指标是针对人类利用生态系统资源而定义的，一般将绿色植被覆盖率、人均绿地面积、资源和环境保护程度、土地资源土地总面积;森林面积;草原面积;农田面积;可利用水域面积;可利用山地丘陵面积;可利用滩涂面积;可利用湿地面积;水资源总量、可利用水资源量等列为生态系统中的环境质量指标。
除了上述自然生态系统质量，还有两大类生态系统质量出现了发展问题，必须引起高度重视。它们均以人工生态系统为主。
农业生态系统质量：农业与城市生态系统与人类活动密切相关。近一个世纪以来，农业生态系统由于大量采用工业化办法，出现了严重的耕地质量下降;农业生物多样性下降或消失，突出表现在天敌和授粉昆虫减少;人类培育了上万年的作物或动物优良遗传基因丧失;大量农药、化肥、地膜使用造成耕地污染，直接导致人类食物链污染。当今中国经济社会和谐发展，必须充分考虑到农业生态系统质量。针对我国农田生态系统退化问题，中央指示要严格保护耕地，扩大轮作休耕试点，健全耕地草原森林河流湖泊休养生息制度。采取生态农业办法修复退化的农田生态系统，维持较高的生产力与健康安全的食物多样性，是农业生态系统质量研究的重要内容。
城市生态系统质量：城市生态系统也属于人工生态系统，是在自然生态系统或农田基础上建立的人工生态系统。如果没有人为因素，它的抵抗力稳定性和恢复力稳定性都比较脆弱。增加物种数量和营养结构的复杂程度，可提高城市生态系统抵抗力与稳定性。当前，城市生态系统质量提升的重点在于增加城市生物多样性，减少硬化空间，发展海绵城市，加大城市代谢途径研究。城市垃圾尤其可降解生活垃圾转变有机肥，可为农业生态系统提供大量的有机肥，从源头减少矿山开采压力。城市发展好了，可以提升自然生态系统恢复潜力，并促进农业生态系统质量提升。
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