一个世纪以来，中医的忧患不绝如缕。然而，在百年以前，并无中西之分，中西医学交流没有这么多的冲突与排斥。比如中医的种痘技术，比如西方的金鸡纳霜，都是相互融合和借鉴的好例子。中西方在医学上好象并没有什么大的冲突。
那么，问题在哪里呢？要而言之，问题有这样几个：其一，西方科学进步，尤其是化学工业的进步，带来的一系列突破。尤其在发现抗生素以后，西方医学好象忽然有了对付绝大多数疾病的钥匙，随之而来的消毒等卫生观念虽然简单，却在人的具体行为上与其他的医学体系区隔分明。观念上的差异导致对临床效果的忽略，对生命深层次探讨的忽视。其二，西方科学进步的载体是其海外市场的扩展，是伴随其经济与文化殖民的拓展而发展的。不论你是否承认，科学毕竟是人的工具，谁掌握这个工具，它就为谁服务。单纯讨论科学的中立特性与客观性在历史上并没多大意义。正所谓科学没有国界，但科学家有祖国。作为技术性、实践特性很强的医学来说更是如此。随着化工企业掌握了医药市场的垄断权利，比如美国的洛克菲勒集团，他们也就掌握了所谓“科学”的舆论主导权利。西方医学的传播，也就成了医药企业，尤其是医药垄断集团利益传播的通道与工具。其三，中医、西医在临床方面，对不同的病症各有所长，这是由其本身的物质、理论基础决定的。西医面对一些烈性传染病，以及在病原可以明确的疾病方面在２０实际２０年代以后尤其有效，西医的外科进步也十分迅速。而中医则对一些病原不清的疾病， 尤其是疑难杂症十分有效。中医的外科在一千多年中受文化观念影响一直停顿（这种现象在西方古代也很普遍，比如不许解剖尸体等）。西医以其长处攻击中医短处，在中医没有统一的力量与声音的情况下，容易得逞。这和西方殖民者以区区几艘舰船能打败一个泱泱大国道理一样，他们的力量是集中的成建制的，我们的力量是分散的混乱的，问题不在于规模而在于战斗力。其四，中西医学发展到２０世纪初期，西方因为其工业发展，尤其化学发展而使医学日新月异，而中医虽然在实践上和理论上不断突破，比如温病学说，对病菌、病毒等“疠疫”等病原有全新的认识，但因为缺乏相应的新的研究手段，比如显微镜等，还是不能十分深入。西方则对病原有十分清楚的认识。这种工具上的差异导致理论上分化异常迅速。如果说过去的差异，双方停留在经验阶段，那么现在的差异则是理论上的根本差异。过去相互比较时候，靠的是效果，而现在，西方的医药利益集团则可以打着明确的旗号来反对别人，排斥其他体系了。面对虽然有效，但是并不知所以然的临床方法和理论，比如方剂、针灸等，在“有医学常识的人”看来，当然类似巫术了！这是迷信的“科学”。
这就是中西医分化和冲突的几个主要原因。
这里有一个标准性，必须厘清，那就是，什么是检验理论与技术的标准？我们说，是实践。对于医学来说，就是临床效果。９０％的国人支持中医的原因也就在于此，中医的确有效啊！
医学毕竟实证的科学，谁也弄不了假的。虽然口水战打了，虽然西方利益集体的阴谋部分得逞了，但回过头来，我们发现，最热衷于研究中医的竟然是他们的实验室！现在所谓的植物药，难道不就是我们的中医单方药么！毫不客气的说，中医方剂，多为复方，要比单方进步得多。近年来对重要付方的研究，破有斩获，比如对六味地黄丸的研究，让人对重要的物质基础有了明确的认识。但现在认识到的，只用管窥蠡测来形容毫不过分。
中医是典型的经验科学，而且多为实践验证的有效经验。虽然达不到严格科学标准的要求，但作为临床而言，功效卓著。中医之所以无法达到严格的科学标准的要求，在于这样几个原因：一，从阴阳五行以及经络学说来说，在诊断过程中虽然十分有效，但其物质基础一直都存在朦胧之处。这不是理论的错误，而是产生这些理论的时代没有提供进一步深入研究的工具。二，从药学来说，方剂和各种配伍由各种动植物、矿物组成，临床上虽然能从效果判断出配伍的大致比例，但因为有效成分的含量受制于天气、产地、墒情等等因素，因而其有效性不是特别稳定，只能呈现“经验性地稳定”。三，从“病”与“证”来说，中医在几个世纪以前没有办法深入“病理”，而只能采取“辩证”的方法，也就是现在说的黑箱方法，来解决问题。但黑箱总要被打开的。
随着技术的发展，可以说，中医从理论到药学到临床这三个环节上，现在探究其物质基础的时机已经成熟。客观地讲，中医需要在这样一些方面浴火重生，才能在现代条件下发扬光大：病理学、药学、方剂学，以及运作的社会体制。
从基础的病理学角度来说，经络、针灸等，阴阳五行的辨证问题，都可以经过研究，在全新的物质基础上阐述。在诊断学上，望闻切问诸法都可以数量化和仪器化。最近包括耳针耳诊等许多仪器的问世，都说明在全新的物质基础上提炼出新的中医理论完全可行。在药学与方剂学上，要弄清传统配伍的物质基础是什么样的，药的温凉寒热等等性状的物质基础（比如化学功能团的类别差异等）与“证”的表现之间，以及他们与“病”之间的关联是什么，这样就可以摆脱经验，发现全新的配伍规律，使中医药建立在全新的微观基础之上。
以此为基础，中医的运作机制也要有所改变，而且这种改变是必须的。那就是产业化，让中医从研究到生产到销售形成完整而且利益休戚与共的产业链条，在这个链条里，中医的理论才能深化和升华，中药才能在前人的基础上有全新的突破。因为只有在这样的体系里，我们才能将各种利益整合起来，我们的传统才有了存在的物质基础和经济基础。
我们要牢记一点，那就是，在进化的路上，不是最优秀的能生存下去，而是最合适的才能生存。中医很优秀，但它必须改变，必须深化和升华。单纯讲我们的东西好坏没有用，只有形成显示的社会力量，形成利益共同体，它才有希望。别忘了，西方那些实验室里天天在研究我们各种配伍后面的规律呢！
因此，这是个系统的创新过程，要用新的工具，在过去的基础上发现新的东西。这不仅仅是个学术问题，不仅仅是个中医有效与否的问题，更是个利益问题，社会组织问题。
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