刚果河，又名扎伊尔河，是中西部非洲最大的河流。刚果河发源于中部非洲南部，蜿蜒4700公里，穿过仅次于亚马逊雨林的世界上第二大热带雨林。刚果河的流量也居于世界第二位，仅次于亚马逊河。刚果河所围成的盆地，仍然是仅次于亚马逊河流域的世界第二大流域盆地。刚果河的水流非常稳定，因为整个河流跨越赤道，无论什么季节，总会有一边有丰富的降水，保证充足的水源注入刚果河。
刚果这个名字，来自在刚果河下游的一个古老王国——刚果王国。刚果王国是刚果部落征服了刚果河中下游地区一些部落而诞生的，大约兴起于1400年，最兴盛的时候，领土包括现在的安哥拉、刚果(布)、加蓬，以及刚果(金)的西部。15世纪末期，葡萄牙航海家来到了这里，开辟贸易站的同时，天主教的传教士也开始传教。这些传教士选择了一个古怪的传教方法，他们乘船沿刚果河航行，到了近岸的村庄，就绑架部落贵族，然后让这些贵族皈依天主教，再把他们送回去。听起来不可思议，但是刚果王朝很快就接受了天主教，使得这一带成了天主教在撒哈拉以南非洲传播最成功的地方。刚果王朝的统治者也深得天主教的精髓，1506年，第一代信仰天主教的刚果国王去世，两个儿子争夺继承权的时候，其中一个就已经会灵活运用宣称圣母玛丽亚和圣徒雅各显灵这样的招数，利用宗教势力取得了王位。这位起了葡萄牙名字的阿方索一世即位后，就宣布天主教为刚果的国教，甚至自己一手创建教会系统，并以此聚敛了大量的财富，显然深得欧洲天主教维护统治者地位的真谛。阿方索把儿子派到欧洲接受神学教育，随后成为撒哈拉以南非洲的第一位黑人主教。天主教在刚果河下游如此深入人心，以至于早在16世纪，耶稣在这里就已经被描述成了黑人。成为天主教国家的刚果王国很快就卷入了欧洲的奴隶贸易，受欧洲的影响越来越多，却仍然没有逃脱被欧洲殖民者瓜分的命运。刚果王国本来就是几个小王国结合起来的，不同背景的欧洲殖民者扶植不同的地方政权，刚果王国的实力逐渐被削弱。到了欧洲殖民者大肆殖民的19世纪下半叶，刚果王国已经完全衰落了，控制的地盘大大缩小。
现在刚果(金)这块地方成为殖民地的过程有点特殊。这里曾经是贪婪的比利时国王利奥波德二世（LeopoldII）的私人领地。利奥波德二世一直对欧洲殖民者在非洲得到的利益眼馋。1876年，比利时国王成立了私人公司国际非洲协会，试图到非洲取得属于自己的那一份蛋糕。1878年，利奥波德二世选定了自己想要的地方，也找到了从事这份工作的人选，著名非洲探险家、记者亨利•斯坦利（HenryMortonStanley）。
斯坦利的确是一个合适的人选。斯坦利这个时候刚刚完成了横跨非洲大陆之旅，从东非大裂谷附近的刚果河源头一直走到刚果河入海口的葡萄牙据点，首次确认了刚果河源头的位置和整个刚果河的走向，也证实刚果河与尼罗河并没有直接联系。这次穿越刚果热带雨林的行程总共历时999天，非常艰苦，出发时的356人中仅仅有114名完成了这个壮举。现在，斯坦利要回到刚果河流域，为比利时国王划出他的私人领地。
斯坦利的工作做得不错。他花了5年的时间，说服了400多名酋长放弃治权，在茂密的热带刚果雨林中建立了据点和通讯网络。不过，不仅仅是利奥波德二世看上了这片热带雨林。斯坦利从刚果内陆回来，发现法国人已经在刚果河的北岸现在布拉柴维尔的地方建立了定居点，虽然那个地方也在斯坦利划得的土地里面。斯坦利急忙在法国定居点的对岸建了基地，起名利奥波德维尔。布拉柴维尔是现在刚果(布)的首都，利奥波德维尔早就改名成了金沙萨，是刚果(金)的首都。这两个隔岸相望的城市，可能是世界上距离最近的两个首都。
法国人占据这块地方，引起了欧洲列强们对刚果所有权的争执，最终导致了1885年在德国举行分赃大会。在会上，利奥波德二世的这个私人帝国取得了欧洲列强的承认。利奥波德二世给这块土地起了新的名字：刚果自由州。这可是片不小的土地，面积达到了100万平方英里，整个非洲大陆面积的十三分之一，比利时国土面积的75倍。整个刚果水网发达，水路甚至可以通行汽船，深入内陆，交通相对便利。这里出产象牙、棕榈油、木材、铜，非常富饶。
利奥波德二世取得这块土地的目的就是掠取私人财富。象牙自然是首选。利益驱动下，比利时国王的代理人组织猎象队，侵扰土著村落，疯狂地进行掠夺。1890年代初期，自行车和汽车的轮胎的发明刺激了对天然橡胶的需求，而刚果野生的大片橡胶林自然就成了黑色黄金产地。于是就有大批公司取得比利时国王的许可，圈占土地，强迫土著居民收割橡胶，完不成指标的居民往往会遭到凶残的惩罚，甚至包括切掉双手。11年时间，刚果的天然橡胶产量，从1890年的100吨上升到1901年的6000吨，而代价是整个刚果盆地众多村庄被焚毁，原住民流离失所，饿殍遍地，疾病横行，整个刚果的人口死亡可能高达千万，占了这里总人口数量的一半。可以说几乎每一滴橡胶，都有一滴鲜血。比利时殖民者在刚果的疯狂和暴力很快就被人揭露，被约瑟夫•康纳德（Joseph Conrad）写在了《黑暗中心》(Heart of Darkness)一书中。出版后，利奥波德二世臭名远扬，连欧洲殖民者都看不下去了，开始纷纷向比利时施压，要求改变对刚果的地位。当然，欧洲列强究竟是为了分一杯羹，还是真的为了人权，还不好说。无论如何，1908年，比利时国会终于向英国为首的国际压力低头，从国王手中收回了这个刚果自由州，成立了比属刚果殖民地。
刚果的矿产资源非常丰富。到独立前的1959年，刚果的铜产量占了世界总产量的10%，钴产量占了50%，工业用钻石的产量占了世界的70%。丰富的矿产资源吸引很多矿业公司到这里来淘金。矿业公司、比利时的殖民官员、在这里存在了将近500年的天主教教会，构成了比利时的统治架构：殖民政府进行管理，教会提供教育福利，矿产公司，提供政府运行的资金。比利时的管理者几乎无处不在，即使在最偏远的地方，进行基层管理的也是比利时人，他们催促和监督非洲人种地，修路，为矿山和植物园提供劳动力。矿业公司也为员工提供基本生存条件，包括技术培训和一些福利。按照比利时人的理解，只要满足非洲人的基本生活需求，这种比利时人高高在上的统治方式就可以长久持续下去。教会的势力更是遍布了整个刚果盆地，大大小小的传教点承担了初等教育的任务。虽然刚果的小学不少，但是非洲人一直到1950年才被允许接受神学之外的中学教育。即使如此，非洲人也仅仅被培训为普通文员、医生助理、建筑工人，没有机会升职。虽然比利时人根本就没有打算在非洲人中培养出精英阶层，精英阶层还是渐渐出现了。不过这一小群人根本就不拿自己当非洲人，所想的，所做的，都是如何使自己成为比利时人，脱离自己原来的民族。这一小群人遭到卢蒙巴的强烈谴责。
卢蒙巴（Patrice Lumumba），1925年出生于比属刚果中部的开赛省（Kasai），站出来批判刚果的土著精英时，年仅31岁。卢蒙巴在教会学校里面接受教育，随后接受邮局小职员的培训，在斯坦利维尔 (Stanleyville，现基桑加尼，位于刚果东北部)工作。这时候卢蒙巴就开始在报刊上发表反对殖民统治的言论，并自己主编了邮政工会的杂志。1956年，卢蒙巴因为挪用公款被捕，关押了一年，在狱中完成了自己关于殖民统治观点的著作。获释后，卢蒙巴来到比属刚果的首都利奥波德维尔，工作是推销啤酒。
1957年，加纳的独立使得刚果的民族主义运动兴起，越来越多的人参与到民族独立运动之中，出现了打着民族主义旗号的政党。最先成立的是巴刚果民族的政党阿巴克（Abako）。这本来是一个巴刚果民族推广本民族语言的文化组织，这时被领袖卡萨武布（Joseph Kasa-Vubu）转变成有政治主张的党派。这个政党的拥护者全都是巴刚果人，最初的政治主张，是团结分裂在比属刚果、法属刚果、加蓬、安哥拉的巴刚果人，恢复古老的刚果王朝。在刚果河下游刚果王国的故地，卡萨武布的支持者非常多。卢蒙巴却对基于部族的政党不感兴趣。1958年，卢蒙巴成立了自己的政党刚果人民族运动（MNC），声称要跨越部族界限。1958年，卢蒙巴参加了在加纳举行的全非人民大会，回到刚果后，立刻把刚果人民族运动改组成与加纳恩克鲁玛的人民大会党类似的群众政治运动，把政治目标定为整个刚果的独立、解放。
1959年1月，比属刚果的民族主义分子爆发骚乱，比利时政府终于发现原来刚果人也有独立诉求。为了平息事态，比利时政府匆匆宣布了政治改革计划，要开始地方政府选举等，给非洲人一些政治权利，甚至还许诺刚果可以独立。比利时政府表现出让步，这就刺激了比属刚果的民族主义势力发展。到1959年11月，比属刚果正式注册的政党就已经达到53个，12月份猛增到120个。这些政党绝大多数都是基于部族的政党，甚至大多数都仅在地方有影响力。在刚果东南部矿产最富饶的加丹加地区（Katanga），最有实力的政党是以伦达族（Lunda）为主的加丹加部落联合大会（Conakat），领袖是冲伯（Moise Tshombe）。冲伯出身于一个富裕的加丹加家庭，属于少有的黑人精英阶层，与比利时人关系密切，也与比利时人分享着经济利益。众多的政党中，仅有卢蒙巴的刚果人民族运动是跨部族的政党。卢蒙巴在比属刚果全境进行巡回演讲，煽动群众，迅速把刚果人民族运动发展成为比属刚果的第一大政党，而卢蒙巴为了争取众多普通民众的支持，观点也越来越激进。1959年10月，刚果人民族运动的全国大会在斯坦利维尔举行，卢蒙巴激情洋溢的演讲之后，骚乱四起，导致26名非洲人死亡。卢蒙巴因此被捕，被判处六个月监禁。
不仅仅斯坦利维尔出现骚乱，在其他地方，比利时官员们也发现自己已经失去了对局面的控制。在刚果河下游，巴刚果人开始拒绝缴税，在开赛省，两个部族打了起来，根本不理会殖民官员的干涉。1959年12月，比利时博杜安国王访问斯坦斯维尔，结果导致了更大规模的骚乱，在飞机场上聚集的人群最终只能被催泪瓦斯驱散。原计划12月份举行的地方选举，在大部分地区都遭到抵制。现在，比利时政府开始担心，这里会成为第二个阿尔及利亚了。
1960年1月，比利时政府招集比属刚果最有影响力的13个政党在布鲁塞尔开会，讨论比属刚果的独立问题。卡萨武布、卢蒙巴、冲伯出席了会议，这三个人都是刚从监狱释放出来专门参加这个会议的。比利时政府提出了历时四年的政权移交过程，刚果人却不愿意等这么久，要求1960年6月1日独立。如此仓促的独立，显然蕴藏着巨大的危机。这个国家还没有出现任何强势的政党，也没有举办过任何一级的选举。刚果人里面，也没有人在任何中级以上政府部门有过管理经验，连略微高级一些的文员都没有。比属刚果全境1400个地方管理位置中，仅有三个是刚果人，其中两个还是刚刚到任。刚果境内受过教育的人也很少。到1960年，刚果人里面大学毕业生仅有30人。实际上，这个国家受过教育的最大的人群是牧师，也不过仅有600人。在1959—1960学年度，仅有136个刚果人中学毕业。刚果人里面没有现代医生，没有中学教师，没有军官。比利时政府在布鲁塞尔安排刚果人进行政府官员培训，最早也要等到1963年才能完成。但是，眼看着刚果已经有爆发内战的危险，比利时政府只能赌一下了。比利时政府最终让步，独立日期定在了1960年6月30日。
刚果新政府的大选在5月举行。参加选举的只有两个政党在一个省以上进行了选举，一个是卢蒙巴的刚果人民族运动，另一个是比利时政府支持的温和派。其他的所有政党，都只在省内参加了选举。选举结果，卢蒙巴的刚果人民族运动成了第一大党，其中一半得票来自卢蒙巴的根据地斯坦利维尔。不过刚果人民族运动仅仅取得了总共137个参选席位中的33席，加上当时的竞选联盟，也仅有41个席位，不足组阁所需要的半数。实际上，刚果人民族运动在刚果重要的城市利奥波德维尔和南部的加丹加地区表现都不好，得票寥寥。比利时政府希望看到一个温和派的政府，一个依赖比利时援助的政府，好继续维持自己的利益。于是，比利时政府开始努力扶植卡萨武布。不过还没等比利时政府安排好，卢蒙巴就扩大了他的政党联盟，取得了74个席位的支持。这样，比利时政府就只能与卢蒙巴合作了。最终，新的刚果政府里面，卡萨武布成为总统，这只是一个荣誉位置，没有任何政治权力；卢蒙巴，这个年仅35岁，没有任何管理经验的小伙子，成为新刚果政府的首任总理。卢蒙巴的政党联盟包括多达12个党派，支持者主要来自刚果东部。
比利时政府与卢蒙巴的冲突在独立仪式上就暴露出来。1960年6月30日，刚果正式独立。比利时博杜安国王出席了独立仪式，首先致词。博杜安国王在致词中大肆宣扬殖民地的成绩，称颂国王的叔祖父利奥波德二世的功绩，要求黑人领袖们不要辜负殖民者的信任，不要更改比利时定下的管理架构，要耐心等到自己能够胜任管理再进行改革。这样的言论自然惹得刚果的新贵们非常不满。随后刚果新总统卡萨武布致词，他忍着愤怒按照讲稿照本宣科，却省掉了赞扬博杜安国王的段落。卢蒙巴就没这么好的耐性了。本来没有安排卢蒙巴的讲话，卢蒙巴还是站了出来，直接抨击比利时的殖民政府，把比利时国王大肆赞誉的利奥波德二世的统治直接称为最黑暗的统治，是强加在刚果人民头上的枷锁。仪式气氛立刻尴尬起来，博杜安国王几乎要撤出独立仪式，而卢蒙巴的讲话，却受到了全场刚果人的欢呼。
比利时人的担心并不是完全没有道理。独立后的刚果不到一周就乱了。闹事的是刚果人数仅为25000的军队。这支队伍，直接继承了刚果由非洲士兵组成的殖民军队。这支军队的军官都是比利时人，而非洲人士兵拿着可怜的薪水，还经常被拖欠，生活困苦。本来在比利时人的统治下，这样的日子也没什么，但是现在情况不同了。忽然之间，那些同样是社会底层的小职员、销售员，变成了政治家，当上了部长议员，忽然都开上了豪华车，花钱大手大脚。而在殖民军队里面，非洲人仍然没有升迁的机会。按照独立前与比利时政府的协议，这个军队仍然由比利时人担任军官，刚果人里面职位最高的只是军士长。实际上，军士长是独立之前向非洲人开放的最高级的职位。这个反差就太大了。刚果军队的总司令是杨森斯将军（Janssens）。7月5日，独立后不到一周，杨森斯在利奥波德维尔的军营里面讲话，讲述士兵的忠诚和服从命令的意义。杨森斯显然缺乏外交眼光和政治头脑，他直接提出独立前等于独立后，没有任何变化，并且为了强调，还把这句话写在了黑板上。这可不是刚刚独立的士兵们愿意听到的话。当晚，就有士兵聚集在营地要求杨森斯下台，哗变开始。闹事的士兵很快就被调来的其他军营的士兵驱散，但是离开了军营的士兵却跑到利奥波德维尔市里面骚扰欧洲人。骚乱扩大，欧洲人人人自危。卢蒙巴立刻公开谴责杨森斯的立场，宣布免除杨森斯的总司令职位。随后，卢蒙巴宣布把这支军队彻底非洲化，把刚果军队里面所有的比利时军官开除，把所有军官位置都换上了刚果人。卢蒙巴选定的新任总司令，是前军士长蒙博托（Joseph Mobutu）。
蒙博托1930年出生于比属刚果西北部的小镇里萨拉（Lisala）。虽然出身贫苦家庭，不过蒙博托还是得到了受教育的机会，他在教会学校里面接受教育，成绩优秀。1949年，蒙博托逃学跑到利奥波德维尔去见一个女孩子，几周后才回到学校。这样的行为就要遭到惩罚，而当时惩罚不守纪律的学生的方法，就是把他们送到殖民军队里面。1949年底，蒙博托进入殖民军队，至少要服役七年。蒙博托很适应军旅生活，处处表现出色，不久就升职到军士长，这是刚果人可能得到的最高职位。蒙博托还从比利时军官那里借了大量的书籍，接受了会计和记者的职业培训，同时也开始匿名发表反对殖民政府的文章。1956年，蒙博托的服役期满，离开军队，成为全职记者。1958年，蒙博托进入卢蒙巴的小圈子，加入刚果人民族运动，成为卢蒙巴的秘书，是卢蒙巴的重要助手，在独立前的谈判中，就显露出了自己的才能。不过也有资料说，蒙博托做过比利时政府的间谍，为殖民政府提供独立分子的动态。无论如何，刚果国家军队的总司令，就是这位29岁的年轻人。
卢蒙巴的紧急措施并没有起到作用。实际上，军队一下子换掉所有的军官，使得这支队伍保持了全部武装，却完全失去了指挥，也使得卢蒙巴政府彻底失掉了解决危机的暴力手段。而利奥波德维尔的骚乱继续扩大，欧洲人继续被虐待、殴打、强奸。恐惧下，欧洲人大量逃亡，使得原本由欧洲人掌握的政府各级部门一下子也陷入了没有人管理的状态。整个刚果新政府，仅剩下卢蒙巴身边的几个人，完全无法运作。比利时政府试图说服卢蒙巴允许驻扎在刚果的比利时军队介入以恢复秩序，遭到了卢蒙巴拒绝。但是比利时政府仍然以保护比利时公民为借口，下令军队开始行动，控制了利奥波德维尔的飞机场等关键设施，组织比利时侨民撤离。这一行动，却明显侵害了刚刚独立的刚果的国家主权，被卢蒙巴解读为比利时政府要推翻刚果新政府。卢蒙巴立刻宣布与比利时断绝外交关系，宣称已经与比利时进入战争状态。
不仅仅刚果的首都闹起来了。7月11日，在比利时政府以及矿业公司的支持下，加丹加的地区领袖冲伯借口陷入混乱，宣布加丹加独立。当日，仍然驻扎在加丹加省的6000名比利时士兵队就解除了刚果军队的武装，把这些队伍赶出了加丹加。原来殖民军队的比利时军官和一些外国雇佣军被招来训练新组建的加丹加军队，比利时政府也立刻向加丹加政府派出了技术支持人员，协助政府的运作，实际上控制了加丹加各级政府。不过比利时仍然对刚果统一报以希望，没有急于正式承认加丹加政权。比利时政府的主要目的，应该是维护自己在加丹加省巨大的商业利益，保护西方国家在这个矿业大省的投资。加丹加拥有刚果最多的矿产资源，这个时候已经是重要的铜、黄金和铀的产地。比利时政府也希望能够扶持冲伯，希望冲伯能够在利奥波德维尔建立统一政府。也几乎在同时，在加丹加的北部爆发了反对冲伯政权的武装斗争，在不久后宣布从加丹加中独立。
这样，独立不到两周，刚果就陷入危机：国家安全机制崩溃；军队几乎解散，成为混乱的根源；大量白人离开管理职位，使得国家管理瘫痪；加丹加分裂；原来的宗主国比利时政府正忙着推翻卢蒙巴。卢蒙巴向联合国求援。1960年7月14日，联合国通过了143号决议，呼吁比利时撤军，并向刚果军队提供军事援助。随后，联合国就派来了军队，同时派遣大量的文员接管政府的运作，维持政府的运转。卢蒙巴可不满足于此，要求联合国动用武装力量驱逐刚果境内的比利时军队，联合国显然不希望自己直接介入武装冲突。7月17日，卢蒙巴向联合国发出最后通牒，要求联合国军队在7月19日午夜之前把比利时军队驱逐出刚果，否则就会向苏联求援。这一下子可捅了马蜂窝。这时候正是冷战的高峰，东西方对抗激烈，西方社会一直担心苏联会趁非洲民族独立的机会扩大在非洲的势力范围。卢蒙巴提出联合国不帮忙就转向苏联求援，也许只是在向西方国家施压，让西方国家尽快满足自己的要求，但是卢蒙巴终究提出了苏联介入中部非洲事务的可能。再加上卢蒙巴原本就有的反殖民主义的极端言论，就使得西方国家担心卢蒙巴本人的立场，是不是已经倒向了苏联，而负责联合国行动的美国官员立刻联想到前不久的古巴革命。7月22日，美国中央情报局（CIA）局长杜勒斯向美国总统艾森豪威尔汇报，直接把卢蒙巴比成了非洲的卡斯特罗。7月底，卢蒙巴访美寻求援助，本来是一个恢复双方关系的机会，但是访问结束后美国对卢蒙巴的印象更坏。按照接待卢蒙巴的美国副国务卿狄龙（Douglas Dillon）的描述，卢蒙巴是一个不讲道理的妄想狂，讲话缺乏逻辑，思维混乱的人，是一个无法与之合作的人。这个结论，就基本上决定了卢蒙巴的命运。
在联合国的压力下，比利时军队终于撤出了刚果。不过卢蒙巴又有了新的要求，要联合国的军队去对付加丹加地区的冲伯。联合国表示这就完全属于刚果的内部事务了，不能介入。8月9日，联合国通过146号决议，允许联合国军队进入加丹加，但是却禁止联合国军队对内部冲突有任何影响。联合国要求卢蒙巴与冲伯商谈出一个和平解决方案来，卢蒙巴对此非常不满，立刻谴责联合国和比利时是一丘之貉，开始指责联合国的整个行动计划。这样一来，联合国的官员也开始认同美国人的看法了。不仅这些西方人受不了卢蒙巴，卢蒙巴在利奥波德维尔的同事也越来越不能忍受这个做事武断，不计后果，听不得任何意见的独裁者，卢蒙巴的地位开始动摇了。
刚果还有一个地方独立于中央政府之外，就是开赛省南部。这个地区同样是重要的矿业产地，有丰富的钻石矿藏，经济地位十分重要。早在1960年6月中旬刚果独立之前，这里就已经宣布从开赛省里面独立，自称南开赛联邦州。8月8日南开赛州宣布成立自己的政府，模仿加丹加，宣布从刚果独立。卢蒙巴也希望联合国解决这个地区的问题。联合国再次拒绝。8月15日，卢蒙巴终于向苏联寻求军事援助。苏联和捷克立刻运来了大量的军事装备，派遣了军事人员，还把刚果的军队空运到开赛平叛。卢蒙巴计划首先镇压开赛省的叛乱，然后去推翻冲伯的加丹加政权。苏联的介入终于使得西方政府下了除掉卢蒙巴的决心。三天后，美国总统艾森豪威尔授权中央情报局解决掉卢蒙巴。卢蒙巴在开赛省的镇压也导致了灾难，虽然仅有几百人死亡，却导致20多万难民逃亡，进一步给了卢蒙巴反对者推翻他的借口。联合国声称要调查这里面有没有种族屠杀，而最关键的，是卢蒙巴任命的刚果军队总司令蒙博托加入了批评卢蒙巴的行列。
整个过程中，刚果总统卡萨武布一直在保持沉默。卡萨武布没有什么权力，可以做的事情并不多。不过，9月5日，在他的比利时顾问的劝说下，卡萨武布通过电台发布公告，谴责卢蒙巴没有管理能力，导致刚果内战，并宣布免除卢蒙巴的总理职务。卢蒙巴得知后，立刻发表声明，废除卡萨武布的总统职务，两派的矛盾终于爆发。议会最终宣布这两个声明都非法，但是刚果却分成了两派，有的公开支持卢蒙巴，有的公开支持卡萨武布。西方政府自然支持的是卡萨武布，而苏联成了卢蒙巴的靠山。联合国这个时候夹在中间，成了被所有人谴责的对象。9月10日，联合国关闭了控制着的所有机场和利奥波德维尔的电台，切断了苏联协助卢蒙巴政府向开赛地区运送兵力的途径，却保留了卡萨武布的电台。9月12日，蒙博托的部队软禁了卢蒙巴，不过卢蒙巴很快就被忠于他的队伍解救出来。9月14日，在联合国、美国中央情报局的支持下，年仅29岁的刚果军队司令蒙博托政变成功，宣布冻结一切政治活动，暂停宪法，自己独揽大权。同时，蒙博托立刻宣布驱逐苏联和捷克的军事人员。
蒙博托的政变给刚果带来了更大的分裂。蒙博托很快组织了新政府，保留了卡萨武布的总统职位，排除了所有卢蒙巴的支持者。卢蒙巴再次被软禁在自己刚果河畔的首相官邸，不过这次有了联合国军的保护，虽然外面仍然被蒙博托的军队团团包围，但是个人安全至少不是问题。卢蒙巴继续向联合国发出威胁，宣称如果联合国不帮他，他就再去找苏联的支持，来实现刚果的统一。不过四天后，卢蒙巴要求联合国协助与卡萨武布和解。但是，美国人再也不会给卢蒙巴重新掌权的机会了。9月21日，杜勒斯再次向艾森豪威尔汇报，强调卢蒙巴必须除掉。中情局找到可以杀人而不留痕迹的毒药，立刻运到刚果，要求在刚果的中情局官员想办法把毒药混到卢蒙巴的饮食里面。但是具体计划还没有制定出来，这个药就过期了。比利时人同样在琢磨刺杀卢蒙巴，并得到了博杜安国王的批准。
联合国的驻军显然了解这些计划的存在，多次警告卢蒙巴老老实实呆在总理府。但是11月，联合国趋于美国的压力正式承认了卡萨武布的政府之后，卢蒙巴决定去自己的大本营斯坦利维尔，在那里建立反对政权。11月27日，大雨瓢泼中，卢蒙巴藏在一辆汽车的行李箱里悄悄离开了总理府。本来在混乱中回到斯坦利维尔并不是太难的事情，但是卢蒙巴一路上仍然一有机会就召集群众演讲，使得蒙博托的队伍追捕卢蒙巴非常容易。12月1日，在开赛省北部，距离斯坦利维尔还有一半路程的地方，卢蒙巴被捕。消息传来后，卢蒙巴的副手，刚果副总理基赞加（Gizanga）立刻在斯坦利维尔宣布成立自己的政府自由刚果共和国，组建自己的军队，为了继续得到社会主义阵营的支持，举起了社会主义旗帜。这样，刚果独立六个月之后，已经分裂成四个政权，每一个都有自己的政府、军队，和外国支持者。刚果西部和中部蒙博托和卡萨武布的在利奥波德维尔的政府得到了西方支持；刚果东北部基赞加的政府得到了苏联和开罗的纳塞尔的支持；刚果东南部加丹加的冲伯政府后台是比利时政府；南部开赛省的卡隆吉（Albert Kalonji）政府背后是西方矿业公司。
卢蒙巴被捕后，被蒙博托的士兵殴打一顿，随后被运往利奥波德维尔，带到了蒙博托面前。面对这个几个月前的好朋友、领导人，把自己扶上了刚果军方最高位的人，蒙博托把唾沫吐到了卢蒙巴的脸上，大肆辱骂。随后，卢蒙巴被关押在军营里面。如何处理卢蒙巴也成了难题。在狱中的卢蒙巴仍然是其支持者的旗帜，打着卢蒙巴旗号的斯坦利维尔政权声势也越来越大。12月，东部的基辅省（Kivu）也成了斯坦利维尔的势力范围，蒙博托派出军队干涉，却遭到失败。一周后，斯坦利维尔的军队进入加丹加北部和开赛省的东北部地区，控制了将近一半的刚果国土。在利奥波德维尔，卢蒙巴的支持者也有不少，军队内部也有了卢蒙巴支持者会发动政变的传言。如此局面下，比利时政府更不敢让卢蒙巴回到他支持者的身边。1961年1月，比利时政府多次向蒙博托身边的比利时顾问发出指令，要想尽一切办法不让卢蒙巴获释。1月13日，关押卢蒙巴的军营的士兵闹事，要求涨薪水。卡萨武布和蒙博托在第一时间就赶到了军营，立刻答应了士兵们的要求。现在，连自己的军营都不是安全的地方了，蒙博托对于如何处理这位前上司实在头疼。
蒙博托自己并不想背上杀害卢蒙巴的恶名。他与卡萨武布、比利时的顾问一起想出来一个主意，就是把卢蒙巴交给加丹加的冲伯来处理。1961年1月17日清晨，卢蒙巴和他的两个一起被关押的同事从军营里面被带了出来，押上了飞往加丹加首府伊丽莎白维尔 (Elisabethville，现卢本巴希)的飞机。押送这三个犯人的士兵，都来自卢蒙巴进行过种族清洗的开赛省，对卢蒙巴有着深仇大恨。六个小时的飞行途中，卢蒙巴一直被殴打。浑身血污的卢蒙巴下了飞机之后，立刻被等候着的加丹加士兵用枪托乱揍一通，然后关在了距离机场两英里的民房里，由比利时军官指挥的加丹加军警守卫。卢蒙巴等三个人被关在了卫生间里面，冲伯以及几乎所有加丹加的部长们一个一个进来对卢蒙巴拳打脚踢。晚上9点多，三个囚犯被运到了30英里外的丛林里，随行的有冲伯和他的部长们，还有比利时官员以及三个比利时宪兵。队伍抵达的时候，坟墓已经挖好。在众多官员的监视下，这位刚果的首位首相被枪杀。
但是比利时人却没有胆量宣称卢蒙巴被处决，冲伯也不希望自己背上杀害卢蒙巴的骂名。三周后，加丹加政府通过广播披露了卢蒙巴已死的消息，宣称卢蒙巴越狱成功，被仇恨卢蒙巴的爱国村民打死。比利时政府甚至不敢保留卢蒙巴的尸体。两天后的深夜，几个比利时官员把卢蒙巴的尸体从坟墓里面挖了出来，运到了伊丽莎白维尔东北120英里的地方，在那里把尸体分成碎片，放到了一桶浓硫酸里面。强酸的侵蚀使得卢蒙巴仅剩下部分头骨和几颗牙齿。这件事情一直到1999年才被参与此事的比利时官员披露。这位官员出示了一颗子弹和两颗牙齿，宣称都是卢蒙巴的。其余还有一些散碎的骨头，被他扔在了回伊丽莎白维尔的路上。卢蒙巴死因的披露导致了对比利时政府当时所作所为的调查，2001年，比利时政府终于承认对卢蒙巴之死负有一定责任。
卢蒙巴的死讯一传出，立刻激起了强烈反应。不仅刚果境内乱成了一团，抗议声四起，其他国家反对的声音也不小。比利时在开罗的大使馆首先遭到冲击，在贝尔格莱德，比利时大使馆也被愤怒的人群包围。在华盛顿，纽约也爆发了示威游行，在伦敦还引发了暴力冲突。在示威者眼里，卢蒙巴是反抗帝国主义，为自己国家的民族独立事业奋斗的英雄。卢蒙巴之死，使其个人声望达到顶点，死后的卢蒙巴成了刚果人心中永远的英雄，连蒙博托都开始赞扬卢蒙巴。实际上，卢蒙巴的旗号，一直到2006年刚果大选还被人举出来，宣称继承了卢蒙巴的旗帜。这其中，包括现任刚果总统小卡比拉的政党。卢蒙巴的副手基赞加也在2006年参加了大选，党派的名字，竟然是团结卢蒙巴主义党，并成为第三大党，可见卢蒙巴的号召力仍然不减当年。不过客观的说卢蒙巴在执政的短短几周内，的确犯了太多的错误。自身没有实力却擅自向强权叫板，虽然听起来很英勇，但实际上没有任何好处。在卢蒙巴执政的67天内，卢蒙巴不仅得罪了几乎所有的政治盟友，还得罪了所有的西方国家。也许对于一个没有任何管理经验的人来讲，实在不能要求太多。实际上，大环境里面的冷战因素，才是卢蒙巴不得不丧命的真正原因。其实苏联在这个时候虽然在非洲四处凑热闹，却远远还没有把非洲当成什么重点，西方世界过于高估了苏联在这个阶段卷入非洲事务的决心。刚果危机当时被西方描述成东西方在非洲的代理人战争，实际上，苏联可能还没有准备好全面介入。
卢蒙巴之死，并没有给刚果带来和平，而联合国的位置更加尴尬，其政策成了被攻击的对象。苏联直接指责联合国秘书长哈马舍尔德应该为卢蒙巴的死负责，要求哈马舍尔德辞职。1961年2月21日，联合国通过161号决议，终于批准联合国军队可以主动使用武力，防止刚果内战发生。这就等于给联合国军队镇压加丹加的分裂开了绿灯。卢蒙巴死后，终于取得了他想要的联合国出兵干涉。不过有了授权的联合国军队并没有立刻采取行动。1961年1月，刚果各方开始会谈。几次谈判后，各方大都同意组成一个松散联邦，只有冲伯仍然坚持加丹加独立。4月，冲伯被捕，口头同意不再独立后被释放。不过冲伯也不是真想放弃独立。8月28日，联合国军队终于决定武装介入，开始解除加丹加的武装，逮捕了外国雇佣军，控制了伊丽莎白维尔，进展似乎很顺利。不过，比利时的官员竟然说服了联合国的指挥官，把剩下的事情交给比利时人来处理。在比利时人的安排下，只有一些比利时官员被当作雇佣军被驱逐，而真正的雇佣军绕道罗得西亚，返回加丹加。联合国军队的这次行动实际上毫无成效。
9月9日，联合国只好再次采取行动。刚果中央政府向冲伯和他的官员发出了通缉令，授权联合国逮捕这些官员。但是这一次，逮捕加丹加官员的小规模军事行动却扩大成了战争，联合国军队与加丹加军队打了起来。战斗一开始联合国军队就处境不妙，一队100多人的爱尔兰士兵被加丹加队伍围困。9月17日，哈马舍尔德决定亲自找冲伯谈停火问题。当晚，哈马舍尔德乘坐的飞机在夜间失事，机上16人全部遇难。究竟是什么原因导致飞机失事至今不详。哈马舍尔德去世第二天，被围困六天的爱尔兰军队向加丹加军队投降，随后联合国被迫同意了停火条款，让出了对加丹加的控制。被俘的爱尔兰士兵一直到10月25日才被释放，制约了联合国的行动。10月30日，刚果政府军向加丹加进攻，结果惨败。11月2日，吴丹成为新的联合国秘书长，加丹加的战事继续发展下去。8日，又一队爱尔兰士兵被伏击。24日，联合国再次通过决议，授权军队采取更大行动和更多的自主权，这样一来军队摆脱了限制。12月，联合国的军队终于在战斗中占到了上风，很快就控制了加丹加的军队。冲伯一开始表现得很强硬，威胁要炸掉大坝和矿山，不过最终同意开始和谈。加丹加地区终于停火。
1961年下半年，刚果政府在另外两个分裂的地区的行动也取得了进展。在南开赛，经过四个月的战斗，南开塞军队被击溃，南开塞政府总统被捕，南开赛分裂结束。镇压基赞加的反叛要复杂一些。由于高举社会主义旗帜，基赞加的政权在1961年2月就已经得到了21个亚洲、非洲和东欧国家的承认。不过基赞加政权与卡萨武布政权的交战并不激烈，和谈很快就开启，基赞加同意在刚果中央政府坚持卢蒙巴主义的前提下，结束分裂。1961年年底，解决了另外两个分裂武装的刚果中央政府与基赞加政府翻脸，刚果政府军势如破竹，在1962年1月中旬攻陷了斯坦利维尔，逮捕了基赞加。加丹加和谈也取得了一些进展，冲伯终于答应以联邦制为原则结束独立。但是冲伯不久就再次反悔。1962年12月，联合国军队终于再次发动军事行动，摧毁了加丹加的主要政治和军事设施，到1963年1月全面控制了伊丽莎白维尔。见到大势已去，冲伯终于放弃了独立的念头，刚果重新统一。
1964年，卢蒙巴的支持者又在刚果东部起兵，被称为辛巴(狮子)运动。这一次，叛军与斯坦利维尔的卢蒙巴支持者相互呼应，声势浩大，迅速以斯坦利维尔为首都建立了刚果人民共和国。辛巴运动的领导人是穆雷雷（Pierre Mulele），原来是卢蒙巴内阁中的教育部长。穆雷雷在中国接受过训练，这一次举起了毛泽东思想的旗帜。穆雷雷的政权得到了中国、古巴、阿尔及利亚和埃及的支持。革命者们在控制的地区发起了对反革命分子的大清洗，在卢蒙巴的雕像前，大批的文员、教师、公务员、技工；政府官员、反对党领袖等被处决，甚至生活西化也成了处决人的借口，死亡人数估计超过两万。叛军的势力迅速扩大，在三个月的时间内，就控制了刚果三分之二的国土，刚果中央政府再次陷入危机，政府倒台。
7月，冲伯成为中央政府的新首相，负责镇压辛巴运动。冲伯又召回了曾经帮助他反抗中央政府的雇佣军。大量来自罗得西亚和南非的士兵加入了雇佣军队伍，这次雇佣军的目的是为了维护统一。在美国中央情报局和比利时政府的协助下，古巴的政治难民、欧洲的雇佣军也被派到了刚果。有了雇佣军的协助，有了西方的强力支援，刚果政府军队终于在战场上重新赢得了优势，击败了辛巴运动的武装。作为最后的抵抗，辛巴运动的战士们把留在斯坦利维尔的白人当成人质，控制在维多利亚旅馆里面。刚果政府军再次向比利时和美国寻求帮助。比利时立刻派了特种部队，在美国的协助下空运到刚果。解救人质的行动最终在11月24日进行，15架美国空军的C130运输机把550名比利时伞兵空降到了斯坦利维尔。控制机场和跑道之后，伞兵们立刻奔赴维多利亚旅馆。辛巴分子已经开始了对人质的屠杀，不过比利时人还是解救出了大多数的人质。两天内，超过1800名美国人和欧洲人，400名刚果人通过机场被安全转移，80名人质被辛巴分子杀害。辛巴运动至此失败。不过冲伯再一次引入雇佣军，使得冲伯失去了卡萨武布和蒙博托的支持，刚果政府再次陷入危机。美国终于选择支持蒙博托，1965年11月25日，在美国中央情报局的协助下，35岁的蒙博托再次发起军事政变。这一次，蒙博托决定自己来掌握政府了。
刚果东部的叛乱并没有完全平息。1965年，在刚果东部地区，仍然有少量辛巴运动的游击武装，继续着革命事业。这些打着社会主义旗号的武装，仍然吸引着社会主义阵营的支持，还有一些人志愿来到刚果东部地区，其中最有名的一个，就是阿根廷医生切•格瓦拉。古巴革命胜利后，1964年底，格瓦拉离开了古巴，开始输出革命。格瓦拉首先选定了非洲，认为这里是反帝国主义阵线中最薄弱的环节。1965年4月24日，格瓦拉一行14人抵达刚果，不久，大约100名古巴黑人加入了他的队伍。
格瓦拉帮助的队伍领袖，是26岁的劳伦特•卡比拉（Laurent-Desire Kabila）。不过卡比拉武装的状态实在令格瓦拉失望，认为这伙人根本成不了气候，双方无法合作。游击武装的情况、内乱，都使得格瓦拉非常失望，热带雨林艰难的环境，热带疾病，也使得格瓦拉遭到了不小损失。而美国也非常重视格瓦拉的出现，花费了大量精力跟踪格瓦拉的形迹，干扰格瓦拉的物资的运送。几个月后，格瓦拉终于承认在刚果的行动失败，离开了刚果。卡比拉随后也换了地方，在1967年建立了人民革命党，在坦噶尼喀湖畔的小块土地上建立了自己的政权，继续着反抗蒙博托的斗争。
辛巴运动的领导人穆雷雷逃到了刚果(布)。1968年，蒙博托成功诱骗了穆雷雷，许诺穆雷雷回到刚果(利)后会被特赦。穆雷雷一回国立刻被捕。在群众集会中，穆雷雷被公开羞辱、虐待：先是把穆雷雷的眼睛挖了出来，随后切开了生殖器，然后再把穆雷雷的肋骨一根根地折断，看着穆雷雷咽气。穆雷雷死后，尸体被抛到了河里。
蒙博托政府得到了西方政府的全力支持，成为西方社会需要的反对共产主义的榜样。有了这样的招牌，蒙博托做什么都会得到美国人的支持，独裁残暴不顾人权，自然不会影响美国对蒙博托政府的支持。蒙博托宣称政党的纷争，在过去的5年里面，彻底毁掉了这个国家，所以从现在起，国家进入紧急状态，全部政党和政治活动都被禁止，所有的权力都归蒙博托。对于强大的地方势力，蒙博托也毫不手软，把大的省拆成几个小省，削弱地方权力。刚果终于基本上恢复了稳定，仅剩下个别偏远地区仍然有叛乱武装，但是都不成气候。对于普通的刚果人来讲，无论蒙博托是什么样的政府，毕竟内战了5年的刚果终于在蒙博托手上统一了，蒙博托的行动得到厌倦了内战的刚果人的普遍支持，蒙博托本人也成了继卢蒙巴之后，刚果又一位民族英雄。
1971年，蒙博托把刚果改名为扎伊尔。
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