中医在方舟子看来不科学的原因就是中医这个学问不符合西方从古希腊就遵循的分析的方法，以及近代对科学的过程的定义：观察——假设——实验验证——科学理论。而中医没有经历过这个阶段。其次，中意的理论近乎于哲学理论，很玄乎，没有西方科学那种有概念，判断，推理，以及可以有实验室的方法能够看得见的实体性的物质成分，比如细胞、细胞膜、肽链，蛋白质。等等。于是乎，中医显然不符合这些标准，甚至是金标准。于是，面对方舟子等反对中医的人的诘难，支持中医的人百口莫辩。方舟子等人显然处于辩论的优势方。所以，要维护中医的正确性，就不能落入方舟子等人所设置的圈套，因为你钻进这个圈套，你就完全被控制住了。
既然要跳出方舟子等人设下的圈套，那就必须自己有一套。这里的原因的追索，就远远超出了中医西医本身十分狭隘的范畴，而涉及到更加广阔的东西方文化的领域。因为不从这个领域里着眼大文化的产物：西方的医学理论和东方的医学理论，就永远跳不出个子狭隘的圈子，只能毫无意义的相互对立相互攻轩。结果是公说公有理，婆说婆有理。
我们知道，西方文化，其实他的源头不是西方，而是现在的中东，是两河流域、巴比伦文明、古埃及文明，他包括的地域，不是现在的欧洲。正是两河流域的文明和埃及文明，影响了地中海地区，影响了这里的希腊和爱琴海一带的民族，使他们吸收了这些文明，他们的文字，他们的哲学，宗教，数学，天文学以及农业的技术，使得古希腊文明在此基础上逐渐形成，诞生了现代欧洲文化的源头——古希腊文明。古希腊文明的最有成就的人就是和苏格拉底和亚里士多德。其实欧洲现代文明说穿了就是古希腊文明的继续，无论是欧洲的文艺、哲学、法律、政治、科学，都是与古希腊文化的进一步发扬光大，从而形成了所谓的西方文明。可以说，现代世界的文明无一不渗透着古希腊文明的精髓。这是不可否认的事实。难怪有德国学者说道：我们欧洲人其实都是希腊人。
西方的科学文明是在文艺复兴之后真正开始的。培根对此贡献巨大。他奠定了科学的实验理论基础。西方人的思维方式，是从分析开始的。及将被思考的对象进行分解，分成各个局部。古希腊的物质的原子学说，就表明了这方面的巨大进步。当然，早期的希腊物质本源的认识与东方水平是差不多的。希腊有原子学说，东方有墨子的“端子”的假说。但西方的分析的、逻辑的思维方式，与东方的思维方式，就有很大差别。东方人习惯于整体的去把握事物。从整体着眼，来把握事物的运行规律和建立理论。从整体来把握事物的运动规律是很难的。因为没有分析做基础。所建立的理论，就只有宏观的理论。中国很早就有易学，是从原始的辩证理论——阴阳理论来解释事物的整体运行规律。这是一种近乎于哲学的理论。但是，整体理论在宏观上是正确的，必然在从整体上解释事物的整体运动规律上也有其正确性。在这里，我们看不到任何一个对象的运动着的原子，看不到生命体的任何一个细胞、蛋白质。但是宏观上，它逃不脱他的整体运动规律。我们可以看不到任何太阳的核聚变的原子行为，但我们照样可以根据它的宏观的运动规律来建立我们的历法。我们照样可以从它的宏观那变化来预知它的未来的变化。
现在谈谈中医。古代中国没有解剖学知识，没有建立基于解剖学基础之上的生命的观察而建立的生理学知识。这是中国的科学乃至医学的不足。但中医同样，它的思维方法就是东方的整体思维方法，宏观的把握事物的思维方法。这种思维方法，使得中国的政治经济，等等都浸透着他的思维结果，那就是宏观的观察结果和理论。这种思维方式的结果是否科学？说到底就是它的结果能不能符合实际？或者用现在非常时髦的术语：能否经得起社会实践的检验？不是说真理的唯一标准时实践吗？看来，由于中医理论不能为我们提供关于人体的细胞的微观指标、不能提供血压的生理指标、不能提供X光影像学的指标、更不能提供血液学的一切其他指标，我们自然怀疑中医的科学性。可是，我们不得不问：早期的西方医学也有这些指标吗？没有。那么，自然，古代西方的医学也不能是科学？可是西方的现代医学正是在古代西方医学的基础之上建立发展起来的。幸运的是西方的医学与西方的科学建立了联系，才进入了所谓的现代医学。但是，古代西方医学就没有治疗好病人吗？没有现代科学技术，古代的西方医学就不能治疗好病人而立足于古代西方社会吗？所以，它仍然是科学，不过是有待发展的科学，即使是现代医学，也是要继续向前发展的科学。也许一两百年后那时的人们回过头来，也许会嘲笑现在的医学未必就是科学。中医也是如此。由于中国没有建立西方的近代科学，因此中国的古老中医学就没有与科学结合的机会，也就停留在古代医学的状态而没有变化。但这丝毫没有妨碍中医学继续为中华民族的防病治病而发挥着作用。那中医是不是科学呢？当然是科学。因为你不能否认古代西方医学也是科学，是待发展的医学，是带有那个时代特征的科学。中医同样是如此，是带有那个时代特征的医学，是带有那个时代所能具有的知识的科学的医学。我们不能用现在的科学知识来否认那个时代的医学，正如我们不能用现在的知识来嘲笑那个时代的帝王将相的落后。中国的社会落后了，所以没有建立科学来发展中医。这不是中医不科学的理由。其次，中医的理论是否科学，必须全面的来看待它。方舟子最欣赏的是所谓日本鬼子当年对中医的态度：去医存药。那么好吧，我们就看看中医在用阴阳理论建立人体的病理生理学说，并且通过这个理论来建立相对应的中药理论与之匹配方面的惊人的有效性吧！当然，方舟子不懂中医，没有中医的临床实践的训练，他本没有资格来对中医品头论足（极不自量)。中药的理论就是四气、五味。中医根据这个理论，将每一种中药都归类于着不同的四气与五味。这四气与五味，与中医的病理生理理论相合，借以正确的选择相适应药性的中药来治疗病症。这四气五味理论，显然不是西方分析性思维方式所能理解的。但这是整体性思维方式的必然结果。可见，什么样的植物、矿物能够入药，一点也离不开中医的理论。中医的医理药理与西方的医理药理的关系是一样的协调的。可见废医存药的态度对待中医是多么可笑。那么，中医与中药是否是统一的协调的理论呢？当然是。药性一点也离不开对治病的要求。况且，中医几千年来对人体的并征得治疗实践，谁又否定的了呢？
中医的建立过程，也是很科学的。首先运用阴阳理论解释人体的病理生理现象，并运用这个理论解释，运用与中医协调的中医药理理论选择相应的药物来治疗疾病。成功治好病了，这个理论就是正确的，就是科学的。难道非要看到细胞、检测到蛋白质、测量到血压才能够叫科学吗？非要能够检测到一个药物分子能够和一个靶分子相结合，才能叫科学的药理作用吗？检测不到，就没有药理作用？就可以不承认药物分子与靶分子的结合？
说中医理论是臆测的理论，没法用实验室来证明，方舟子不是在睁眼说瞎话吧？中医临床治病了几千年了，不是临床试验又是什么？这个理论在中国临床试验了几千年，竟被这个瞎子视而不见，愣说没有经过实验室检验，不是真理，不是科学。方舟子毕竟不是学医的，不是临床医生，他不知道实验室验证和医学的临床试验二者的区别。你硬要中医理论经过实验室来检验，可以，只要科学发展到了能够建立动物的阴阳病理的动物模型，就可以进行实验室验证阶段。但这很困难，绝对是中医科学的难题，也是一般生命科学的难题。难道病人的中医病理不算模型吗？临床这么多的病例，难道临床的治疗效果不可以当成检验或验证的实例吗？岂不太矫情？
方舟子所说的可实验验证的要求，不知道是什么实验验证。我可以在实验室里验证一个临床酸中毒模型的动物可以被静脉滴注碳酸氢钠而使酸性体液重新回归到正常的体液PH值。中医照样可以验证，前面说了只要能够建立符合中医病理理论的动物病理模型，就可以进行实验室验证啊！同样方舟子还可以通过这个动物模型来研究一下各项西医要求的病理或生化指标。也许方舟子庆幸：你就是建立不出来这个动物模型，因为中医理论本身就不是科学，当然就不能建立相应的动物模型。如此，方舟子也高兴的太早。理由前面说过，不再赘述。其次，中医的病理生理概念，也是科学的。因为他是可以临床验证的。我用这个理论建立了病人的病情分析结论，接着运用这个分析的结论，再运用与中医医理协调的中药药理理论选择相应的药物，结果治好病了，就说明是正确的。这整个过程，完全符合现代西医的科学要求。难道你非得看见诸如“肾虚”是那条神经有问题？那根血管有毛病，或者那一项血液生化指标有不正常检测值才能说明“肾虚”？才有一个看得见摸得着的“肾虚的概念”？
现在医学界努力运用当代科学技术来解释中医的理论。我想这是一个尝试。但我并不觉得有可能成功。中医的病理生理概念就是一个科学的概念。他并不需要由一个类似西医那样的实证似的感官的实证要求。他可以有临床的有效性的实证就可以了。因为中医与西医的确是不同的思维方式的结果，或大文化的结果。分析完了要回归整体。西方的系统论，协同论都是整体科学的尝试。我看，将来世界文明将会会回归到中华文明的整体思维方式中来。分析式的思维方式不过是我们整体认识这个宇宙、生命、思维的前导过程而已。整体不是一加一等于二那样顺理成章的事情。一加一有时将是会有十分意外的结果。整体大于个别的相加，这是被学界承认的理论。你知道了人体的细胞结构，就等于了解了细胞的行为吗？你了解了人体的各系统的解剖结构，你就等于了解了人体了吗？你知道了恒星，恒星系，你就知道了整个宇宙了吗？整体有不同于细节的行为模式。整体的行为不是构成整体的组成元素能够解释的了的。基因是由单核苷酸构成的序列。但基因的活动非常复杂，他可以自我剪切，自我重组。你看看人类免疫系统的大量的抗体的产生，你就知道基因的重组的复杂性和不可琢磨性。是谁让他们可以这样重组基因序列？是DNA的结构单位——单核苷酸告诉基因的吗？他们有思维？能够自我有意识的改变自己的序列结构？进化？为什么要进化？方舟子回答一下吧！可见整体不是那么简单的，难道不是科学？基因的自我重组没有什么思维的魔力来指挥他，怎么回事？用什么理论来描述这个现象？用宗教的理论还是用其他什么理论？自然现象的深奥，远比我们人类的浅见薄闻高深的多了。整体不是简单的一加一的结果，她是整体的结果。是系统的结果，是整体不可能被还原为组成成分的简单还原论能够解释的了的现象。整体理论只能用整体的行为方式来设计他的理论。正如我们观察社会群体现象时，不可能用个体的行为来简单解释整体行为模式一样。那是同个体行为方式很不同的整体行为方式。方舟子不妨可以去读一下英国物理学家菲利普-鲍尔所写的著作《预知社会》（菲利普-鲍尔著 暴永宁译 当代中国出版社出版 2007年11月版）如何？如果读过了还在放肆的谩骂中医是伪科学，我看你也就太不堪了吧！我们用近似哲学而又不是哲学的理论来描述整体现象，就不科学了吗？联系到中医，这个被中国几千年来证实过的具有整体医学理论品格的医学就不是科学了吗？方舟子失至于浅薄了吧！当然，中医也有治不了的病症。比如中医没有细菌感染的概念。但是西医不也是在借用了近代西方的科学技术，由巴斯德发现了微生物才建立了医学感染的概念吗？同样，西医就包治百病吗？西医在面对很多疑难杂症时简直就是束手无策。而中医往往有神奇的疗效。这不是科学的又是什么？方舟子如何回答这一现象？方舟子当然不会说西医治不好病症就说西医不科学。那样会自抽嘴巴。希望方舟子也公平的这样对待中医吧！
也许方舟子鄙视用中国式的阴阳理论语言来建立中医的整体医学的理论。如果是运用西方的语言来建立整体医学，那不管怎样都是科学的。也许从这里，我们又看到了另类的崇洋媚外之徒的嘴脸。
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