日本殖民者占据台湾后，首先面对的是台湾人民的抗日武装斗争，这一斗争以广大汉族民众为主体，虽然时有原住民的加入，但相对而言无论是人数还是地域上都相当的有限。究其原因，一方面是清代以来汉族与原住民族间的隔阂尚未完全消除，联合行动有着一定的障碍，另一方面是日本殖民主义的铁蹄在占领初期专注于对平原地带汉族抗日武装的镇压，无暇顾及山地，对山地原住民的冲击相对较少。更由于从防范汉族与原住民联合抗日着眼，日本殖民者对汉族和原住民采取了不同的政策，在全力镇压汉族人民武装斗争的同时，对原住民则实施怀柔政策，首任总督桦山资纪在他的训示中就多次强调：对于土著“须以爱育抚绥为主”。参考藤井志津枝《日据时期台湾总督府的理蕃政策》，文英堂出版社，台北，1997，第3页
生蕃赋性虽极蒙昧愚鲁，然犹存固有之风，一令其心怀恶感，则日后无法挽回。——果欲开拓本岛，必须先令生蕃驯服，——本总督欲以绥抚为主，以期收效于他日，仰各官员善体此意，训诫部属，勿致有误接遇生蕃之途径。参考藤井志津枝《日据时期台湾总督府的理蕃政策》，文英堂出版社，台北，1997，第3页。
桦山资纪的指令得到了切实地实行，这由恒春支厅长相良常纲的报告中可以看出，其上呈总督府的《台湾地方出差复命书》曰：
原本恒春地方为明治七年(1874年)之役西乡都督阁下登陆此地征讨牡丹蕃之处，据云当时蕃人投降而请军门向西乡阁下输诚，且以手环，誓言永不叛逆，尔来二十余载，蕃人之意向乃不可以昔日测知，因此小官被任命为恒春支厅长之际，当时桦山总督阁下特别留意启发蕃族之事，指示一旦绥抚之端绪有误，弊病将层出不穷，东部一带将因此仍归于不毛黑暗之蛮域，终使本岛之经营受阻，故而再三告谕小官，唯有恒春蕃族之归顺，才能使我军得以进出卑南台东。参阅宋龙生《卑南公学校与卑南族的发展》，“国史馆”台湾文献馆编印，南投，2002，第29～30页。
基于以上所述，日本殖民者首先借鉴清代的抚垦局模式，于1896年4月颁布《台湾总督府抚垦署官制》，设置抚垦署，将原住民的“蕃地”与汉人居住的地区分而治之。抚垦署的主要职责为：一、“蕃人”的抚育、授产、取缔;二、“蕃地”的开垦;三、山林和樟脑的制造。日本殖民者对台湾原住民的重要工作之一，即是广泛宣传日本已经是台湾的新的主人，由新设抚垦署负责他们的生产生活和与汉人的交往。同时利用原有的汉人通事和商人，继续从事汉蕃交易。日人还挑选人员学习原住民语言，以便在条件成熟的时候抛开汉人通事，直接接触并控制台湾原住民。
乃木希典总督时期(1896～1898年)，日本殖民者一方面加紧镇压台湾人民的抗日武装斗争，另一方面仍然执行对原住民的怀柔政策，他提出的“蕃务”六方针为：矫正原住民的封闭落后思想，严禁出草杀人，破除迷信，改良生产生活方式，实地调查原住民地区，开发利用“蕃地”森林物产等。其中“蕃地之踏查及交通”是这一时期的重要内容。基于殖民地治安维持的需要，调查原住民地区地形乃至民情风俗，这些对于总督府把握情报、制定政策及防范汉族武装集团与原住民联合抗日，都有着重要的现实意义。
第六部分“理蕃政策”的出笼(2)
早期的抚垦署本身就兼有调查的职责，在《抚垦署长心得要项》中，规定其职责之一即为“蕃社社名、户口、风俗之调查”。在强势军人总督乃木的主导下，军队积极参与了对原住民的调查研究工作，山地道路的开辟以军队的工兵负责，铁道线架设由陆军临时铁道队担当，测量则归陆军测量队随行从事。1897年6月日本天皇就是根据他们的报告将台湾的最高山峰命名为所谓“新高山”的。藤井志津枝：《日据时期台湾总督府的理蕃政策》，文英堂出版，台北，1997，第45页。此一时期的“蕃情调查”主要内容为：①“蕃社”的名称、户口、住宅、道路交通;②各“蕃社”相互间的关系、内部状况、生产生活方式;③“蕃人”的枪支、弹药供应;④“蕃人”出草杀人的情况;⑤“蕃人”对抚垦署的看法，对授产及教育的意见;等等。
儿玉、后藤时期，日本殖民者改革了原住民管理机构，在办务署下设第三课，专管“蕃人、蕃地”;办务署废止后，原住民事务改由各厅总务课管辖。与此同时，清代的隘勇制也得到了继承和推广，1900年4月总督府颁布《隘勇佣使规程》，规定了隘勇的资格、待遇和任务。隘勇住在山区汉蕃交界处，24小时值班巡逻，发现可疑情况应立即通报日本警察，并接受其指挥。如此一来，隘勇制就被绑在了警察的系统之上。1900年底，官办隘勇数达1593名，在对原住民监视和防范上起了重要的作用。
1902年，持地六三郎提出《关于蕃政问题的意见书》，他认为：原住民所在的山地是日本对台经济资源开发的对象，“蕃人”则妨碍了日本实现其利益，特别是所谓“生蕃”的出草和反抗行为更是如此。他主张：“国家对此叛逆状态的生蕃，拥有讨伐权，其生杀予夺，只在于我国家处分权的范围之内”。藤井志津枝：《日据时期台湾总督府的理蕃政策》，文英堂出版，台北，1997，第156页。持地的建议得到了一定程度的采纳。1903年，总督府制定《理蕃大纲》：第一，“蕃人”、“蕃地”统归警察本署掌管;第二，“北蕃”(按指泰雅族)以威为主，“南蕃”(按指布农、邹、排湾、阿美、雅美、卑南、鲁凯等族)以抚为主;第三，对“北蕃”以隘勇线包围封锁之。这一时期的“理蕃政策”中，对所谓“北蕃”的防范是重中之重，在经费安排上，“北蕃”经营费远高于“南蕃”经营费(在后来的佐久间左马太时代的1906～1910年5年事业计划中，前者总经费为19379414元，后者为260000元，相比差距高达74倍以上)。温吉编译《台湾蕃政志》，台湾省文献委员会，台北，1957，第711页。同时，本期总督府的原住民政策有了较大的转变，即从据台初期的抚育转向镇压。总的原则是为了配合日本殖民主义对山地资源的掠夺，对于顽强抵抗的原住民予以剿灭，这在1903、1904年警察本署“蕃务会议”上得到直接的体现。紧接着就是各地隘勇线向山地推进，通往山区的道路也开辟起来。
对台湾原住民的剿灭方针体现出了殖民者的残暴的一面，如宜兰厅长佐藤有熊下令对出草“蕃人”格杀勿论，鼓励警察、隘勇和保甲民在山地要道埋伏击杀“蕃人”，若有杀得头目者，给赏100元，杀死蕃丁者，给赏50元。看看以下记载，便可了解日人是怎样鼓励台湾人杀害原住民，以达其以台治台之目标：
明治三十九年八月七日于马那邦山东方高地探险之际，——下午一点四十分，于我部队前方约二百公尺处发现有一名蕃人现身，该人(按即苗栗大湖支厅用心山隘监督所台湾人李九尾)拟立即射击，但和田警部补叮咛其应等到近距离。故待其潜进至仅有十一二公尺处再射击，而一枪贯穿腹部，虽使其行动困难，但仍企图逃走，隘勇吴阿昂又补上一枪，使其仰面倒下。这时隘勇李九尾冲过去夺下蕃人所携的蕃刀，割下其首级。
以上沉着勇敢之行动实完美的克尽蕃界警备员之职责，符合颁发隘勇有功徽章之内训第一条第二号，故拟请颁授有功徽章。王学新：《“杀蕃赏”之研究——以竹苗地区为例》，《第三届台湾总督府公文类纂学术研讨会论文集》，台湾省文献委员会，2001。
第六部分“理蕃政策”的出笼(3)
这名原住民既看不出任何加害于人的意图，也没有任何攻击行为，仅仅因为他是原住民，手上有把蕃刀，就遭到了灭顶之灾，读之令人酸鼻。
佐久间左马太任台湾总督后，对原住民的政策日趋强硬，上任伊始便积极谋划对原住民反抗斗争的镇压事宜，并提出了“五年讨蕃计划”，该计划首先加强山地道路的开拓，建设了贯穿中央山脉南北的隘勇线，甚至鼓励日本年轻警察与原住民头目女儿结婚来渗透到内部防范反抗事件的发生。由于历来倚重隘勇线推进的“理蕃政策”收效甚微，故而“五年讨蕃计划”采取军事行动强力镇压台湾原住民反抗并加速推动山地资源的开发进程。例如对南投雾社泰雅族原住民的讨伐行动典型地反映了日本殖民者的政策转变过程，明治四十三年十一月，当局在一份电文中称：
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