把我的尸身用火烧了，将骨灰洒在我所热爱的这片土地上，也许可以对人们种空心菜有些帮助呢!
——郭琇琮遗言
芝山岩事件
郭琇琮出身士林旧举人之家。
1895年6月17日日军在台北举行始政式之后，殖民当局台湾总督府民政局设学务部于大稻埕，掌理全台的教育行政;其后接受大稻埕巨商李春生(台北保良局总理)建议，在文风较盛、人才辈出的士林芝山岩设立学堂，先后招收廿一名台胞为日本语练习生，开始对殖民地台湾民众进行所谓「国民教育」。然而，对「久沐祖国教化，义不附秦」的台胞而言，它却可以说是「日本奴化台胞之第一声」。
1896年元旦凌晨，台北地区反日义军大举袭击台北城。与此同时，士林义民斩杀了芝山岩学堂的六名日籍学务部部员和一名军夫，并将学堂内的奴化设施全部捣毁……。第二天，「日军百余，向士林搜索前进，拟屠士林」;一时之间，学生及学生家长纷纷他避。
郭琇琮的祖父也因为参与了这场行动而将全家暂迁艋舺避祸。
叛逆的郭家老二
士林郭家到了郭琇琮的父亲郭坤木一代又兴旺起来。
郭坤木(1888-1947)，国语学校实业部农业科毕业后进入台北厅殖产科及农会就职;后来进入彰化银行台北支店工作，其后荣升板桥支店长;从此，郭家家境也逐渐富有、兴旺。郭坤木热心地方的公共事务，先后担任过慈诚宫及神农宫改建筹备委员会会计委员、士林同风会副会长、台北州州税调查委员、士林青年团团长、士林庄协议会议员、士林信用购买组合理事、士林庄教化联合会教化委员等职，尽力「教养青年」、「启蒙庄民」、「振兴产业」;此外，他又曾组织体育协会，推广运动，对地方贡献良多，并成为「士林的代表人物」。他是个「既聪明又善于理财」的实业家。日据末期，他将所有的土地都卖出去，改做其它投资，并将位于大东街上的郭家古厝翻修成士林第一栋三层楼洋房;经常接待包括林献堂及曾经明白表示「宁为太平犬不做乱世民」的「台湾第一号御用绅士」辜显荣在内的彰化银行董事或监察人等台湾士绅。这样，郭坤木家也就成为地方人士不可忽视的、新兴的士林望族之一了。台湾光复后，他所拥有的资产已经足够让他成为改称彰化商业银行的重要股东之一了。
从另一个角度看，郭坤木基本上不过是一个通过专业努力，逐步往上爬升为亲日的地方士绅吧。因为这样，1918年出生的郭家老二郭琇琮，从小就进入主要是日人子弟就读的桦山小学校（今福星国小）和台北一中（今建国中学），接受皇民化教育的洗礼。然而，因为从小受到民族意识强烈，道德性又高的祖母的教诲，他却具有强烈的反日民族感情。1938年，他考入集全台湾青年菁英于一堂的台北高等学校第十四届理科甲类(全班共廿八名学生，台湾人只有四名)。因为受到祖国五四新文化运动的思想影响，1941年3月10日台北高校毕业后，他便怀抱着「科学救国」的决心，以第一名的成绩考上东京工业大学。由于父亲郭坤木期望他日后当个生活无忧的开业医生而反对他念工科，并以不供给学费要挟，他在东京工业大学只念了一个月就只好束装回台，进入台北帝大医学部(第六届)就学。
就读台北帝大医学部期间，郭琇琮不论在骑马、游泳、田径、音乐(当时士林街只有三架钢琴，学校、教会与郭家各一架。)和思想上都展现了超出同侪的杰出才华;与此同时，他跟随一位应日人三菱、三井企业之聘而从北京来台教中文的徐征教授研读了鲁迅、巴金、老舍……等人的作品，成为一个具有强烈中国人意识的民族主义者。为了对祖国大陆有更进一步的认识，学了一口流利的北京话的他又经常到港町的广东留学生宿舍「兴亚寮」，找那些大陆学生聊天。到了暑假，他又渡海到上海、厦门和广州等城市旅行考察，实际了解了祖国抗战的艰苦状况，也更认识了日帝侵略的本质，坚定了他反帝的中国民族主义立场。
士林协志会与反日系狱
1941年6月，台湾总督府在台湾各地成立「皇民奉公会」分会，全面推动皇民化运动。
在此之前，台北帝大医学部第四届的士林秀异子弟何斌(1918-1988)团结同班同学，组织了一个推动「地方文化启蒙活动」的青年团体---士林协志会。
郭琇琮在「皇民化运动」铺天盖地展开的严峻时刻也参加了协志会。他与何斌等几个较具抗日思想的主干手写国父遗嘱并在上头盖手印，结拜为兄弟;他们组织读书会，一起研读《孙文学说》。为了取得日本统治当局的许可，已经带有反日性质的士林协志会于是以文化团体的名义正式申请，并获批准，由何斌担任首届会长。8月23日至25日，士林协志会借用士林公学校的校舍举办「士林文化展」，通过其中的「乡土展」介绍台湾的乡土文化，也就是不同于日本文化的汉民族文化，起到了抗拒日本殖民当局「皇民化」的作用。
士林文化展览会后，郭琇琮与何斌等人又利用协志会这个阵地，通过开展文化活动来聚合士林一带的学生与社会青年。他们又组织了一个男女混声合唱团，请士林长老教会的传道师陈泗治(1911-1992)指导，练唱各种世界名曲，然后到广播电台或台北公会堂举办演唱会，或在有钢琴的郭家举行发表会。这时，唱高音部的郭琇琮经常用北京话唱《满江红》、《苏武牧羊》。
12月，美日太平洋战争爆发之后，郭琇琮又与台北帝大医学部同学蔡忠恕筹组秘密的反日团体，纠集同志，准备在祖国军登陆台湾时发动武装起义。
1943年，日军在东南亚的战场节节败退;侵略战争的败象开始呈现。台湾因而被编入日本的绝对国防圈内，进入「决战期」，同时也开始成为日本帝国主义的兵源供应地。
1944年1月，台湾总督府公布鼓励台湾人改用日本人姓名的办法，「皇民化运动」的推展达到极致。与此同时，盟军飞机经常轰炸台湾各地，人心惶惶。4月15日起，日本宪兵队在学生密探内外配合策动下，以「研读汉文、习北京话、抗日」的名义，在北部一带的校园，展开连续三天的检举行动。早就被密报而被严密监视的郭琇琮、蔡忠恕，与其它高校具有抗日民族意识的台湾学生，以及徐征教授先后被捕。
日本宪兵对这批学生进行了非人道的刑求、拷问。他们百思不得其解地问郭琇琮，像他那样在日治台湾社会下受惠的菁英份子，何以还会走上抗日之途?郭琇琮毫不犹豫地回答：「身为一个在日本帝国主义统治下的中国人，尽管个人的生活比别的台湾人安定富裕；但这种个人与日本人的『平等』，不过是在不平等的制度下被同化的耻辱罢了!」
最后，以「大学内抗日民族运动首领」之名被捕的帝大生蔡忠恕和郭琇琮等人，虽经严刑拷打，依然顽强抵抗。郭琇琮的肋骨甚至被打断了，并被判刑五年。
1945年5月31日，盟军飞机空袭台北。炸弹恰巧落在台北监狱。郭琇琮于是乘乱打破牢门，找到在狱中罹患了喉头结核的蔡忠恕的押房，把他拖救出来。然而，此时蔡忠恕的病情已经非常严重了，郭琇琮虽然学医，却因手边无药，终究无能挽救他的生命。6月初，无缘再见耀眼阳光的蔡忠恕就在狱中结束了短暂的一生。
光复初期的青年领袖
8月15日，日本帝国无条件投降。9月3日，台湾义勇队总队长李友邦将军(台北芦洲人)特派副总队长张克敏(张士德)以国民党上校军官的身份返台，筹组三青团中央直属台湾区团部。
台湾义勇队是1939年2月在浙江金华成立的抗日组织，1942年2月三青团中央直属台湾义勇队分团在福建龙岩正式成立，1945年3月呈准中央，筹设三青团中央直属台湾区团，李友邦任筹备处主任。
为了拉拢台湾的青年学生，张士德亲自到台北监狱，把郭琇琮等人从牢房里接出来;同时，极力拉拢对台北知识青年有号召力的郭琇琮加入。
日据末期，郭琇琮在坐牢之前就已经与协志会的核心份子一起研读过三民主义，并且因为认同联合弱小民族抵抗帝国主义强权的民族主义与平均地权、节制资本的民生主义而成为三民主义的信徒。然而，对实际的政治权力没有什么野心的他最终还是以学业未完成的理由，婉拒了张士德的邀请。
出狱后，郭琇琮先是入院手术，切掉因为刑求被打断而化脓的肋骨，两个星期后才康复出院。然后通过补考，于9月取得台北帝大医学部的毕业证书，成为台北帝国大学医学部第七届毕业生，并在台大附属医院第一外科服务。
这时候，日据末期，日本帝国主义针对台北地区中等学校以上反日学生所展开的大检举，不但使得出狱后的郭琇琮成为台湾青年学生心目中的领袖，而且也为这些组织分散、不同学校的学生，提供了扩大串连与团结的条件。因为这样，战后台湾第一个自发性的学生组织---「台湾学生联盟」，很快就以他及同时系狱的几个学生为中心，经过几次的学生干部会议之后，于10月初在台北市公会堂正式成立(原来各校的学生组织则改为该联盟的支部) ，并积极主办以脱离日治、迎接祖国为主题的宣传、演讲及教育等活动。
士林协志会的活动也达到空前的高潮。他们借用士林信用合作社礼堂办了「国语学习班」，一面学国语，一面研读三民主义，努力了解祖国大陆的情况;同时也在士林慈诚宫庙口，通过郭琇琮的教唱，学会了第一首中国的抗战歌曲---<义勇军进行曲>，以及「三民主义、吾党所宗」的国歌。
这段期间，郭琇琮还应在台湾广播电台主持音乐放送节目的吕泉生之请，每天从士林走到新公园的电台，教唱国歌。
10月10日，郭琇琮与士林协志会的成员们又将士林一带的学生与社会人士集合起来，公开庆祝战后台湾的第一次国庆。在会场上，郭琇琮以一口流利标准的北京话，带领全体与会者唱<国歌>和<国旗歌>，恭读<国父遗嘱>，最后，再高唱<国父纪念歌>与<义勇军进行曲>……。
投入防疫工作
因为战争的破坏，光复后的台湾，到处可见残垣断壁和堆积如山的垃圾，由于环境卫生太差，再加上外省军民陆续来台，港口检疫失去管制……等等因素，天花、霍乱、鼠疫等传染疫病，于是在台湾各地流行起来。一时之间，人心惶惶。
在同侪眼里，郭琇琮是个彻头彻尾的理想主义者。他当年之所以顺从父亲的意思学医，并不是为了赚钱，而是为了救世。他不是那种可以安安静静当医生的人，于是与台北帝国大学医学部毕业的詹涌泉博士(第二届)、赖肇东(第三届)、何斌与许梦兰(第四届)等学长，基于医生的主要职责应是使人不生病而不是看病的认识，放弃了当临床医师的工作，转到民政处卫生局防疫课当技士，从事当时社会迫切需要投入的防疫工作。
郭琇琮认为，就像在激变的条件下对台湾的一切建设需要全体同心协力一样，面对天花、鼠疫、霍乱也要付出更多的耐心、努力与勇气。他于是以卫生局工作干部的身份，领导少数刚离开台大医学院校门的医生及大学生，组成青年学生防疫工作队，在基隆、台南、弥陀、顶茄萣、宜兰等地，奋力展开巡回治疗和公共卫生的推广工作。他们分层负责，亲手建立隔离医院;设立检验室，作培养基并进行检验工作;检查厕所、水井的卫生，然后编号，每天消毒……。为了表现与民众一起向霍乱进行持续艰苦斗争的决心，他们跟民众吃同样粗糙的食物，在狭窄的房间里挤同一条毯子睡觉，而且常常不分昼夜地通宵工作……，因此取得民众的信赖，终于遏止了难缠的霍乱，默默地完成任务。
在最先受到霍乱侵袭的基隆，他们在十日间便奏起凯歌。通过防疫工作的经验总结，郭琇琮深刻体认到：为了遏止如此猖獗的霍乱，首先还要帮助民众打破对神祇的迷信，进而对科学有所理解、认识与信赖，从而自觉地与防疫工作队协力向霍乱菌战斗。他们于是从改变村民「进入隔离医院就是迈向坟场的第一步」的错误观念着手，展开不分昼夜、不屈不挠的启蒙工作，并积极整顿隔离医院，更新医疗方法，同时也救济入院患者家属的生活。渐渐地，一部份村民被他们诚恳真挚的工作态度感动而接受指导，一起投入防疫工作。随着治愈出院的人越来越多，那些不懂科学的一般村民自然就完全信赖科学了;当他们发现自己有可疑的症状时，立刻就会自动到医院求诊。因为这样，他们在南部的防疫工作不但在短时间内便奏起凯歌，而且也因此在偏僻的农村缔建了坚固的地方自治的基础。
总的来说，郭琇琮在这次全省巡回的防疫工作的最大收获是：通过防疫面，看到了台湾在光复一年间所显现的种种社会相。一方面是科学退步、迷信复活的现象。另一方面，在防疫工作队所到达的地方，他不但看到了各地青年学生们在防疫工作中所展现的令人敬佩的崇高的身影，而且听到了他们异口同声「为了建设台湾，学生应该团结起来」的呼声。他因而对未来感到乐观地说，「一想到将来学生在台湾社会所占有的地位时，就觉得胸中充满希望。」因为「从学生们这种强烈的责任感与崇高的精神当中，可以找到台湾及中国强而有力地的指导者与建设者。」
恋爱
大约就在这个时候，郭琇琮认识了一个「傲慢的」文艺少女林雪娇。她因为战前在日本学的是医护营养而对全省流行的霍乱特别关心和忧心。她也因为不时在报上看到郭琇琮撰写呼吁民众注意公共卫生、接受预防注射的文章而从心里敬仰他的专业和人品。她于是透过在卫生局工作的高女同学认识了郭琇琮。
当他们在新公园第一次见面时，林雪娇直率地针对男女关系不平等的问题向郭琇琮提出意见说，她觉得他有英雄主义的作风，她因为他没有关心妇女的问题而不太满意他的论调;她说他这个人大概还是希望能够支配女孩子的封建男人吧!郭琇琮也不争辩，只是约她星期六到保安街一带江山楼红砖仔厝的艺旦间(妓院)看看。
林雪娇不知道郭琇琮约她到那种地方要做什么?虽然心里害怕，不服输的她还是按时前往那个跟自己的生活世界完全不同的地方。到了艺旦间，她首先闻到空气里飘溢着一股难闻的臭味;她看到郭琇琮正和几个医生在地下室给一个躺在床上，穿短裤、背心，看起来只有十六、七岁的女病人治疗：他用双氧水替她清洗脸上那一朵朵像梅花一般的面疱，然后给她注射「606」。他一直很细心地照顾病人，没有跟林雪娇说些什么。她知道，「606」是治疗梅毒的药;可她站在一旁，不敢随便多问;同时，心里不好意思地想：「原来，他也是关心妇女的啊!」诊疗完毕，走出地下室，他故意问她有什么感想?「我觉得，那个女孩好可怜!」她说，「她还那么年轻，怎么就得了这种病?」「妳是有钱人家的小姐，」他语重心长地跟她说，「像妳这样生活过得好的人，社会上并不多;所以，妳是不会知道，她们穷苦女孩过着什么样的生活的!……像这样的可怜女孩，台湾社会还有很多;我们要做的工作还有好多好多。」她无语地走着。「我的想法是，只有社会得到改造，妇女才可以得到真正的平等地位。」他进一步邀请她说，「妳愿意跟我一起工作吗?」她答应了。
后来，郭琇琮就开始和林雪娇在新公园约会。他们连咖啡厅都没有进去过。郭琇琮说，咖啡那么贵，太浪费钱了!起初，她还抱怨他小气，当医生又不是没有钱!后来，她才知道，他的钱都拿去接济穷人了!……郭琇琮和她约会的时候从来不谈感情，只谈社会或妇女方面的问题。他通过各种不同的方式试着改变她的小资产阶级世界观，要她把小姐身段放下来。经过一段时间的相处以后，她看到他那种家庭出身的人却能放下身段，为劳苦大众服务;也因为钦佩他的人道主义的理想性格，于是也开始试着从生活上自我改造。他知道她是个文学少女，小时候就已经读过《茶花女》、《简爱》等世界名著，因此，每次约会的时候，总会拿一本书给她看;等到下次见面的时候，他就像个指导老师，耐心地与她讨论读书心得。因为这样，她陆续读了鲁迅、巴金、老舍、丁玲……等30年代作家的重要作品。他跟她强调说，这些书，写出了社会不公平的现象;看这些书，可以让我们知道社会的真实一面。她从小所受的教育只晓得要做个贤妻良母。刚开始，她觉得那些书所描写的那些人的生活与自己距离太远了;后来，通过阅读与讨论，她的民族主义思想与社会意识，也就渐渐地被他培育起来了。后来，她也曾跟随他深入山地部落，为原住民同胞治病，教他们读书识字，深得山地朋友的信任。有一天，工作结束后，他忽然感慨地对做为助手的她说：「真希望能够留在山地，做史怀哲在非洲所做的工作呀！但是，时代乱成这样子，我们得先改造社会，为全台湾的人民谋求生存的尊严，然后，才能到山地完成我献身偏远地区医疗工作的心愿!」
二二八
事情终于发生了。
1947年2月27日晚上，压抑了一年多的民怨，终于被专卖局的查缉员点燃而爆发了。
2月28日，郭琇琮以巡回医疗时打下的群众基础，迅速召集了新店乌来的高山族同胞，社子一带的蕉农、工人，以及在淡水河域捕鱼的居民，会合士林一带的学生，加入民众战斗的行列。
3月1日起，台北的「二二八」斗争分别在两条战线上进行。一条战线是以地方士绅和民意代表为主，部份群众团体代表参加组成，整天在中山堂开会的「处理委员会」。另一条战线是看到「处理委员会」的复杂性与妥协性，不能解决问题，而准备武装斗争的群众。这时候，中共地下党「台北市工作委员会」站在群众中间，担负起领导和组织他们发动武装进攻的任务。
3月4日，地下党通过党人李中志团结了日据末期因为抗日而坐过牢的学生领袖郭琇琮、陈炳基，以及延平学院的叶纪东等人，然后再通过台大校本部、师范学院、台大法商学院和延平学院等各校学生自治会负责人动员学生，编组为三个大队，准备发动武装进攻;其中，第一大队由陈炳基领队，在建中集结;第二大队由郭琇琮指挥，在师范学院集结;第三大队由李中志指挥，在台大集结。日据末期当过日本炮兵的李中志同时也是这次武装行动的总指辉，副总指挥则是郭琇琮。具体计划是:3月5日凌晨两点，先由第三大队会合乌来的泰雅族同胞，攻打戒备较松的景尾军火库;然后再与第二大队会攻戒备较严的马场町军火库;各队取得充分的武装后再分头攻取市内所有的军、警、宪武装据点;拂晓时，各队总会攻台湾行政长官公署。为了联络全盘的作战计划，地下党在警备司令部附近「台北市工作委员会」书记廖瑞发的家设立总指挥部，了解随时的战况发展。
入夜之后，省立师范学院(今台湾师大)操场已经陆续聚集了大概四、五百名左右的学生，有的蒙着面，有的没有。天空下着微雨。郭琇琮腰佩一把比武士刀要短些的刀，蒙着面，目光炯炯有神地向那些在草地上蹲着的学生报告作战计划。他的旁边有好几个学生正在把竹子削尖，准备当作武器来用;另外有些人两手拿着已经削尖的竹子，在一旁安静地听他讲话。他把这些学生分成几个小队，然后指令各队分几路去劫南机场的弹药仓库，解除国军的武装。……但是，他们一直等到凌晨两、三点，预定由万华方向过来会合的乌来泰雅族同胞还是没有来……。因为种种主客观因素，武装斗争行动终究没有落实。到了凌晨三点多时，指挥部确知乌来的原住民没有下山，整个行动已经完全失败了。做为指挥部联络员的叶纪东立刻冒着滂沱的大雨，在雷声与枪声夹杂的寒夜里，奉命前往马场町找郭琇琮，要他取消行动计划。他在附近的堤防下找到郭琇琮并传达了组织的指令。可郭琇琮还是坚持到黎明前，确定没有起义的可能性时才解散队伍……。
苦闷与再起
3月9日，增援的宪兵与国军陆续登陆了，台北也再度戒严了，长官公署随即通令全省，搜捕「奸暴，并特设「别动队」，全面展开绥靖工作。台北到处都是枪声……。日子被透明而沉悒的恐怖笼罩着。
由于郭琇琮在事变期间一直以化名「林逸俊」活动，再加上他始终幪面指挥，身份没有暴露;事变后，他从社子坐船，逃到三重埔而幸免于被捕杀。他在三重埔躲了一个多月之后，接到父亲病危的消息，于是拿下眼镜，蓄起胡须，一身工人装扮，冒险潜回士林老家。
5月6日，郭坤木病逝。郭琇琮和林雪娇按照民间习俗在百日内结婚。然而，日常生活的红喜也许可以冲淡白色的丧痛，却不能解决思想的问题。事变后，郭琇琮的思想一度陷于无出路的苦闷。在近代的、残暴的政治的冷墙之前，他的民族主义和民族认同陷入了重大危机，刚刚经历父丧与新婚的他苦苦地思索着：台湾该往何处去呢？……
郭琇琮的苦闷并没有持续太久就找到了出路。经过长期的观察，地下党「台北市工作委员会书记」廖瑞发决定吸收郭琇琮入党。一天下午，因为罹患痲疯病而住在新庄南郊乐生疗养院的他于是刻意提了一盒蛋糕到士林郭家找郭琇琮。那盒蛋糕，其实是一个诱饵，里头装的不是蛋糕，而是一大迭钞票;他的想法是以此作试探---看看郭琇琮是不是一个贪图小利之人，如果是的话，也就放弃吸收他的想法;如果不是的话，他自然会为了退还「那盒蛋糕」而找上门来……。果然，到了傍晚，郭琇琮下班回家，看到家里摆着的那盒蛋糕，问明情况后立即提起那盒未拆封的蛋糕，骑着脚踏车，按照字条上的地址，前去退还那盒蛋糕。一直到凌晨三、四点左右，他终于骑着脚踏车回到家，并且激动地跟林雪娇说他遇到了一个好朋友……。因为这次会面，他重新认识了苦难的中国的全貌，他那颗寻求国家认同的心也重新找着了新的归宿。从此以后，他走出思想苦闷的阴影了……。
《安全局机密文件》载称，1947年6月间，郭琇琮经由廖瑞发吸收参加了中共地下党。秋季(10月间) ，「台北市工委会」正式成立;「市工委书记」还是廖瑞发，郭琇琮担任「台北市工委会委员」，另两位「委员」是吴克泰和孙古平。他们接着便在吴克泰住处召开「台北市工委」会议。会议确定分工后，着重讨论了发展党员的问题，也讨论了党的两个外围青年团体---「新民主同志会」和「爱国青年联合会」，以及宣传问题;同时也就党在台北「二二八」中的工作，作了总结讨论。会议之后，包括李登辉在内的「新民主同志会」改属「台北市工委会」的支部;一直到同年11月，这个外围青年团体都由郭琇琮直接领导。
1948年5月，郭琇琮应上级之召前往香港，与蔡孝干、张志忠及孙古平等岛内重要干部共十一人，参加6月召开的「台湾干部会议」。6月底返台，代理「台北市工委会书记」;不久正式担任「书记」，直接领导「台湾大学附属医院支部」(负责人许强)暨所属各支部。
改良歌仔戏
在香港开会期间，郭琇琮观赏了《白毛女》，相当感动。文艺青年出身的蔡孝干也认为戏剧可以教育民众，尤其是在革命形势已经形成之际，只需推动一下即可。回来以后，他们就想搞戏剧运动，忙着策划演出一出改良歌仔戏---《白蛇传》。
1949年3月，地下党一手主导，设有音乐、戏剧、舞蹈、美术、文艺和总务等六部的乡土艺术团，在台北市长游弥坚鼓励之下合法成立，由本名徐渊琛的地下党员徐琼二(1912-1950)担任团长。7月，该团领有了省教育厅发给的歌剧《白蛇传》上演登记证。22日晚上，监察委员陈庆华、教育厅副厅长谢东闵、市长游弥坚、市参议会议长周延寿等政府官员及本省籍的文化界同人，不约而同地来到挤满了观众的中山堂。七点半，团长徐渊琛首先致开幕词。接着，市长游弥坚以该团顾问的身份致词道：「本省过去虽有很多民谣，但在日人压迫之下无法抬头，至光复后，也因为有许多人认为『歌仔戏』、『民谣』是不登大雅之堂，不足挂齿的东西，而不欢迎;而且对于演员也有错误的观念，以为演戏者是等于叫化子一样下流人而鄙视他，以致本省地方戏日趋落后。这次，乡土艺术团为提倡乡土艺术，而能够在这里首次公演所谓改良歌仔戏和民谣，我感到非常的高兴。我希望各方都能够多多给与鼓励，以期提高本省的文化水平。」七点四十五分，节目终于在观众热烈的期待中展开。首先上场的是该团舞蹈部李淑芬老师领衔的九人舞蹈<台湾姑娘>。接着由该团音乐部歌谣队全体队员合唱<六月田水>、<丢丢铜仔>、<水社进行曲>和<粟祭之歌>等庄严、雄壮而又带有浓厚乡土色彩的民歌。第三个节目是穿着护士服装演出的舞蹈<白衣天使>。接着又是民歌<卖豆乳>和<车鼓调>。然后是一个阿美族青年独舞豪爽的<山地舞>。再接着是舞蹈<仙女散花>、<阿美族舞曲>，以及由李淑芬创作，表现插秧、除草、割稻和打谷等农事动作的<风土舞>。
中场休息五分钟之后，众所期待的压轴好戏《白蛇传》登场。从来民间所流传及旧戏里所演的《白蛇传》，大都是荒唐无稽、神神怪怪的迷信的故事，可在这出改良的《白蛇传》里，署名「周树文」(郭琇琮)的编导却以「新的科学观点」解释民间流传口碑，把它改为「打破迷信，宣扬医学科学性」的故事：白素贞和小青不再是传统旧戏里的蛇精，而是实实在在的人物;法海也不再是力能除妖的方丈，而是一个谋害好人、夺取药书的坏蛋。郭琇琮认为这个老少咸宜的故事里头的人物也都家喻户晓，于是想通过这出改良歌仔戏的演出来启蒙一般民众的阶级意识。比如说，金山寺的和尚法海是统治阶级的象征，白素贞和小青(妇女)则是被压迫阶级，大家如果团结的话，封建保守的统治势力是可以打倒的。
总的来说，乡土艺术团的首次公演获得社会各界的普遍好评。从「打破迷信，宣扬科学」的观点看来，它显然与郭琇琮从事防疫工作时的指导思想一致。为了发展工作，他不断学习在生活上的语言、服装能与劳动者打成一片。他也喜欢唱劳动民众爱唱的<摇婴仔歌>、 <雨夜花>、<河边春梦>……等等通俗的台湾流行歌。这样看来，在这样的世界观指导下的他会去注意向来被本省一般知识分子认为是「一般无知民众的娱乐」，「最通俗的」，但也是「风行全省」、「拥有广大观众」的歌仔戏，也就不是什么让人意外之事了。除了通过演戏启蒙一般民众的阶级意识之外，他也动员他所发展的台大学生及工人作为演出的基本人员，藉此进行团结工作。
转入地下与被捕
9月初，基隆中学《光明报》案爆;形势愈来愈紧张了。郭琇琮于是带着妻子从士林郭家搬到长安东路的林雪娇娘家。
《安全局机密文件》载称，10月间，郭琇琮将台湾省地图及「台北市工委会」工作报告书交林秋兴 带往香港;林秋兴启程前被查觉而于基隆被捕。保密局随即循供，严密侦查郭琇琮等。郭琇琮恐受林秋兴被捕事件的波及，于是转移至宜兰、罗东一带，建立「兰阳地区工委会」。
这年冬季，郭琇琮领导的「台北市工作委员会」已在台北市郊建立十一个支部、一个小组，并发展了个别党员五十余人。年底，京都帝大医学部出身，1947年7月由郭琇琮亲自吸收入党的吴思汉(「台北市工作委员会」委员)，因工作暴露而匿居阿里山吴凤乡乐野村「蕃社」，并将「潜伏党员」，组为「逃亡干部支部」，继续进行活动。
1950年1月，保密局特务逮捕了「台北市工作委员会」所属「和尚洲支部」成员城中区公所户籍员张秀伯，然后「据供，穷追线索，扩大侦查」。4月，郭琇琮与林雪娇又转移嘉义，通过一个台大法律系学生安排住处，以杂货商为掩护，潜入原住民的部落，进行活动……。5月2日深夜，熄灯之后，特务循线来捕。因为那个房子没有退路，他们也只能束手就擒了。他们随即被扣上手铐，押上一辆货车，连夜被移送到台北市的保密局南所。进去以后，他们夫妻就被分开了。
第二天，林雪娇看到郭琇琮的两脚已经被铐上一副沉重的脚镣。因为彼此不能见面，他们只能利用放封的机会，用日文唱歌的方式联络;她才知道，第一次侦讯，他被打得相当严重，是被抬回押房的!……
保密局的逮捕行动持续扩大着。5月13日，许强、胡宝珍、苏友鹏和胡鑫麟等四位台大医院的医师，在院长室被捕，然后也被押送到保密局南所。他们各自填写了基本数据，脱下衣服、皮带、鞋子，交给卫兵检查，然后就被分开羁押。苏友鹏被推进一间一共关了十三个人拥挤而潮湿的的牢房，忽然，他看见一个两腿已经被打得浮肿瘀血的人，从狭窄的牢房里头，扶着墙，一拐一拐地走出来;就在那人更靠近时，他在那人从眼镜后面逼射出来的一双炯炯的眼神认出那人就是郭琇琮。郭琇琮没有说什么，只是以一种坚强而温暖的眼神安抚他，然后又一拐一拐地走出押房，去面对再一次严酷的侦讯。……后来，当局想说服郭琇琮向全省人民广播，以换取个人自新的机会，可他却始终为那纯粹的信仰坚持不渝。
勇敢的活下去
8月15日，郭琇琮及其同案在保密局的侦讯告一段落后被移往青岛东路军法处看守所结案。
9月7日，郭琇琮与许强、吴思汉等十五人被处死刑。
大学时代，郭琇琮在读过一本「脑神经解剖生理」的翻译书后，曾经预言似地在扉页写着：「如此致密锐利的大脑，也敌不过一粒子弹。」现在面对即将来临的死亡的命运，他依然笑着对同房难友感叹说，其实，他已经多活了七年;只可惜，没让他再多活几年，多做些工作;他有很多事还没做完呢!……他同时也在难友问他需要什么时坦然回答说：「借我一件洁白的衬衣。我要让鲜血流在洁白的衬衣上。……」
在军法处看守所，林雪娇一直冒着生命危险与郭琇琮传递讯息。这天，她又利用放封时间假藉倾倒马桶而溜到男犯的晒衣场，然后迅速地从他晾晒着的内裤裤带缝里取出他预藏的纸条。她看到纸条简单地写着：「二条一」。她知道郭琇琮的意思是说，他已经以绝无活路的「惩治叛乱条例」第二条第一项起诉。这段日子以来，她已经习于在每天凌晨听着那些爱国青年被带出去枪毙时高喊的悲壮的口号声了;其实她也早已不存在郭琇琮能够存活的妄想了。然而一旦得知他的死讯时，她还是承受不住面临残酷的事实时内心尖锐无比的痛苦。那一夜，她在同房四十七个人的鼾声中失眠了。天亮时，她在一张小纸条上用日文写了密密麻麻的字：「如果我活下来，我一定会把你的一生写下来；你在这短短三十三年的一生，做了他人五十年、一百年都做不完的事。题目我已经想好了：<美好的世纪>。但这题目好俗气，怕你会不喜欢。」然后，她又从晒衣场上取得郭琇琮的回条:「题目『俗气』没关系，只要你能把我这短暂ㄧ生所信仰的理想和所做的事写下来，我就感到非常安慰了!」
9月21日，台湾省保安司令部将所谓「郭琇琮案」的判决书报奉国防部审核。11月25日， 国防部以代电核定军法处的判决，并拟定死刑执行日期是12月3日。但是，枪决的执行却比预定的日期提前了几天，不知是有意还是无意地选在郭琇琮生日的11月28日。那天清晨四点半，郭琇琮、许强和吴思汉等十五人，一个个被点名出列了。军法处男监牢房里随即响起一连串呼喊嚣烈的政治口号的声音。余音在寂如墓冢的押房甬道上回荡，久久不息。林雪娇知道，那是郭琇琮和他的同志们赴死前最后的吶喊。她奋力爬到关了一半的窗口，朝着楼下，嘶声叫唤着郭琇琮的名字。就在此时，她看到，穿着雪白衬衫的郭琇琮，一边呼喊口号，一边壮烈地走出去的背影……。
临刑前一天，林雪娇从晒衣场收到郭琇琮给她的最后一张小纸条。小纸条上只写了简单的几个字：
雪娇，请交待爸爸妈妈把我的尸身用火烧了，将骨灰洒在我所热爱的这片土地上，也许可以对人们种空心菜有些帮助呢!请勇敢的生活下去……
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