方舟子与肖传国的积怨已久。若干年前，肖传国指控方舟子的一篇科普文章抄了《科学》杂志一篇英文论文。这个指控，经将方舟子的中文文章与英文论文逐句比较，确实成立（相关的比较可见亦明所著《方舟子恶斗肖传国》一书）。另外，有人指控方舟子确实有“抄”的习惯（参见，《方舟子抄袭颍河》）。可以说，肖教授对方舟子的指控并非诬告。
虽然搞假的人打假也许更知己知彼、更得力，但是，如果打假的内容涉及打假者的个人利益或者个人恩怨，则打假者本身的诚信度就是一个必须考虑的问题。任何人遇到与自己私利相关的事情的时候，都应被假定抱有偏见。一个人不能既是裁判，又是队员。
肖传国既然指控方舟子在先，那么方舟子打击肖传国就必须假定具有私人恩怨的色彩。因此，方舟子即使是怀疑肖传国有问题，按照一般社会道德，他在这个问题上本来应该采取规避的态度。但是，方舟子多次著文指证肖教授作假。
对肖传国的“假”，方舟子的主要“依据”是：（1）肖教授用“用集会摘要冒充论文”，在简历中“玩掩眼法”，20年中在国际刊物上揭晓的论文只有4篇，被引用总共只有9次；（2）“肖氏反射弧”是自吹自擂的，“在海内医学界也没有得到认可”；（3）肖教授同时在美国的纽约大学和华中科技大学任全职，脚踏两只船（因此没有资格当中国科学院院士）。
对此，肖传国在武汉市江汉区人民法院起诉方舟子，指控方舟子损害他的名誉权。2006年，江汉区人民法院终于开庭审判，判决方舟子使用虚假的事实陈述攻击肖传国，给后者造成名誉损失，责成方舟子在判决生效后15天内刊登声明向肖传国赔罪道歉、并赔偿肖传国精力损害抚慰金3万人民币。方舟子不服并且上诉。他向法院提供了支持他的《473名海内外知识分子关于肖传国诉方舟子案的公开信》，但此信因没有签名，被视为不可信证据。武汉市中级人民法院维持原判。
根据网上公开的判决，法院考虑的证据文件有几十件，包括：（1）肖教授揭晓论文有93篇；（2）肖传国发现“人工体神经器官—内脏神经器官反射弧”（肖氏反射弧、肖氏手术）被列入国家卫生部刊行的高档医学院教材和国际泌尿外科权威教科书CAMPBELS UROLOGY；（3）肖教授于2003年与2005年，两次获得JACK LAPIDES尿流动力学和神经器官泌尿外科研究特等奖（附该奖为权威奖项的洋基金、洋教授证明）；（4）肖教授获二百五十一万美元NIH（美国卫生研究院）研究经费的证明（附NIH对肖反射弧的评价）；（5）纽约大学证明肖教授为兼职而非全职的证明；如此，等等，等等。根据这些证据，方舟子针对肖传国的言论确实构成诽谤（注一）。
在欧洲民事法规不完善之前，私人之间（即使是名门贵族）的民事争端主要通过斗殴（包括决斗）等暴力手段解决。民事法规的完善及其执行力的加强正是减少因民事纠纷而产生暴力冲突的基本途径。如果法庭判决的没有尊严、不能警示社会，那也就起不到让民事纠纷中受伤的一方平息愤怒的作用。
如果方舟子做一个守法公民，遵守、执行人民法院的判决，刊登向肖传国道歉书，双方的个人恩怨可能就不会进一步恶性发展。但是方舟子没有这么做，方舟子的博客上充斥着攻击肖传国与武汉法院的帖子，大多有强烈的感情色彩，根本不是什么理性的分析。其中一篇标题为《武汉肖氏法院如此枉法窃取公民合法财产》，另一篇称人民法院是“肖氏反射户”，中级人民法院为“中级肖氏法院”。方把法院依法执行判决辱骂为“枉法窃取”。这种事要发生在美国，法官会立刻将方舟子打入大牢。至于对肖传国个人，方舟子继续用“骗子”之类词语形容，在其博客上张贴“建议对肖传国做精神病鉴定”等内容。如此等等，跟骂街没有多大差别。
肖传国算是世界知名的、有成就的中国科学家，但科学家也是有感情、有脾气的，何况肖传国早就数年前就向方舟子发出了警告。ACTION AND REACTION，这是自然规律。
方舟子应该好好反省自己为什么挨打。
注一：诽谤指以虚假的事实陈述损害他人。只要事实陈述有误，则诽谤成立，一般无需证明发言者存有恶意（造成的伤害自动假定）。
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