关于转基因的安全性问题，这个问题本身在国内外学界一直有激烈的争论，公说公有理，婆说婆有理，目前谁也说服不了谁，谁也拿不出足够的证据说它绝对安全或者绝对不安全。
但是，转基因问题不仅仅是一个食用它是否安全的问题。即使忽略转基因食物的生物有害性问题，若大量引进外来转基因农作物，则将威胁中国全体国民赖以为生的长远食物和种植业的国家安全。这并非危言耸听!
因为转基因作物有三个主要生物特点：
一是对原始的野生农作物具有逐灭作用，一旦大规模种植了转基因作物，当地原始野生农作物将被驱逐绝灭，这一点已被国内外大量种植地的实践证明，不再属于理论问题;
二是大多数转基因产品都是绝育产品，就象骡子，不能复制繁殖。无法像原来农作物那样，可以用打下的粮食作为来年的种子，而只能每年都购买新种子。转基因的作物，只能种植一次，收获的果实不能再次进行培育种值，这和传统的作物不同!传统作物是可以收获后，进行N次的培育种植。转基因作物也能发芽，但不能进行培育，因为生长起来不开花，自然就不能授粉，也就不能长出果实。世界上主要农作物转基因种子的专利权全部属于孟山都、拜耳、杜邦三家跨国大公司，购买种子就要支付昂贵的专利费。垄断了一国的种子也就垄断控制了他国的粮食命脉。
[此即育种垄断。转基因作物如大米、玉米不能留种是常识。要是转基因作物能留种，孟山都的转基因物种岂不是有被大量盗版的危险?巨大销售利润如何能维持?]
三是转基因作物对农药化肥具有特殊要求，因此种植后只能使用转基因种子公司指定的特种农药化肥。
以后中国农民的种子，再也不能由农民自己掌握，因为转基因大米、玉米等植物是不能留种的，中国农民的自主权，中国人食物安全的根本权利，由此全部掌握在利益集团和他们背后的跨国公司手中。
另外，转基因粮食的其他配套费用，如特用的除草剂、化肥等等也全部掌握在跨国公司手里。
而大量引进种植国外转基因物种将对国内自然原生态物种和环境造成严重污染，即使以后想恢复原来的原生态物种和环境也将不可能。
【附录：美国的转基因食品政策】
1、美國超市中非转基因食品做有机“Organic"标志
美国销售的食品虽然不标记“转基因”，但是対非转基因食品如豆奶、牛奶、豆腐、鸡蛋包装盒上印有“Organic" (有机产品)字样;豆奶印着Organic soymilk;牛奶印着Organic milk;豆腐则印着美国农业部认证的有机食品字样，或者非转基因食品 (Non-Genetically Modified Organism, Non-GMO);不吃转基因豆粕饲养的鸡产的蛋，也是清楚地标注着Organic eggs(有机鸡蛋)。
有机食品的价格大大高于非有机、转基因食品。这样就可以确保富人和精英可以避免食用转基因食品。
2、美国科学院环境医学研究院得出的结论引起了轰动
2009年5月，美国环境医学科学研究院推出报告称：“一些动物实验表明，食用转基因食品有严重损害健康的风险，包括不育，免疫问题，加速老化，胰岛素的调节和主要脏腑及胃肠系统的改变”。
报告强烈建议：转基因食品对病人有严重的安全威胁，号召成员医生不要让他们的病人食用转基因食品，并教育所在社区民众尽量避免食用转基因食品。
对于转基因的的侵害原理，研究院指出：插入到转基因大豆里的基因会转移到生活在我们肠道里的细菌的DNA里面去，并继续发挥作用。这意味着吃了之后，我们虽然不吃转基因食物，在我们体内仍然不断产生有潜在危害的基因蛋白质，“说透彻一点，吃转基因玉米，会把我们的肠道细菌转变成生活着的农药制造厂，可能直至我们死为止”。
报告发布后，美国卫生部2009年底也发表科学论文，指明转基因食品可对内脏造成伤害。据美国国家科学基金会的调研报告显示，多数民众对转基因持有负面态度和怀疑态度。
其实，早在2008年，美国科学家便证实了长时间喂食转基因玉米的小白鼠免疫系统会受到损害，该研究成果发表在同年《农业与食品化学》杂志上。
3、美国 FDA撤销一项批准
2009年4月，美国政府主管食品药品的FDA宣布撤消它在数年前颁布的CRY 9C转基因玉米种植的工业指南
主要原因之一，就是该转基因作物对人类健康安全有严重威胁。
4、美国国防认为转基因是威胁未来的生物技术
2012年11月，美国国防工业领域的领衔行业机构的《国防》杂志发表专题文章《今后十年的五个顶级威胁》，把以转基因技术为主要内容的生物武器袭击作为第一个威胁、排在核武器袭击威胁之前。那五个顶级威胁是：头号威胁是生物武器攻击，之后是核武器攻击、信息武器攻击、气象武器攻击、跨国行为攻击。该杂志把亚洲列为今后十年五大威胁发作的作战地或发祥地。
5、美国不提供转基因研究的官方资金支持
从官方财政支持来说：美国官方几乎就没有给转基因种子开发提供什么资金，而是把国家资金用于应对生物战争的生物国防和国防资源的建设方面、其中包括天然有
机农业和天然种子建设。
从官方财政支持来说：美国官方几乎就没有给转基因种子开发提供什么资金，而是把国家资金用于应对生物战争的生物国防和国防资源的建设方面、其中包括天然有机农业和天然种子建设。
而中国呢，官方为转基因种子开发提供的国家资金，公开的就有210亿元，而对天然有机农业的国家资助则是微乎其微、甚至连不要国家资金而自助开发的有关项目申请、也予以枪毙。
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