吴国发在计算机软件、数学和统计学、自动控制理论与应用、材料科学与工程等领域的科学研究和技术开发中取得了许多成果。吴国发在计算机应用软件的各个领域都有很高的水平。吴国发在应用数学、控制理论和断裂力学领域提出的数学方法和理论模型得到了有关科研人员的应用。他在社会科学方面也颇有造诣。吴国发在二十多个中英文刊物和六个国际学术会议上发表过100多篇论文，为美国的公司和政府部门开发了50多个计算机软件。他主持研制的新一代IC卡系统于2010年11月获得了中国的专利。

吴国发教授是一位热心为公众服务的社会活动家。他与美国和加拿大主流社会的几个著名华人专家、企业家共同创办了北美专家企业家协会 。该协会的名誉会长包括四个诺贝尔奖得主、中国三个领导人（两个全国人大常委会副委员长和一个全国政协副主席）、加拿大科学院院长。四十多个世界第一流的科学家、专家、企业家、经济学家担任协会的顾问。他积极组织中国与美国之间的科学技术和工商业交流活动。为此，从1999年以来，吴国发访问了中国20多个城市，受到了有关省市领导的热情欢迎。2002年11月，吴国发在美国波士顿市主持了经济全球化和中国工商业报告会（会场分别设在哈佛大学和麻省理工学院），包括诺贝尔奖得主在内的六个世界杰出经济学家、专家、企业家和科学家在会上作了报告。

吴国发担任的重要社会团体职务如下：北美专家企业家协会（总部在美国）会长，国际计算机软件协会会长（总部在美国），世界健康产业协会（总部在美国）会长，太平洋论坛组织（总部在美国）理事长，世界华侨华人社团联合总会副会长（总部在北京），中国卫生产业理事会副理事长，全国医院信息技术人才培训组织委员会主任。